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이질염색체(異質染色體, 영어: allosome)는 형태, 크기, 행동이 일반적인 상염색체와는 다른 성염색체(性染色體, 영어: sex chromosome)이다. 사람의 성염색체는 일반적으로 한 쌍의 이질염색체이다. X 염색체난자에 존재하는 반면 X 염색체나 Y 염색체정자에 존재한다.

성을 통한 생식에서 개체에게 암수라는 성을 결정하는 염색체는 "성염색체", "이질염색체", "이상중심소체"로 부른다. 이를테면 인간의 경우 세포에 XX 염색체를 지니면 여성으로, XY 염색체를 포함하면 남성으로 결정된다.

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