중합효소 연쇄 반응: 두 판 사이의 차이

92 °C ~ 95 °C로 가열하여 [[단일가닥 DNA|이중가닥 DNA]](dsDNA)를 [[단일가닥 DNA]](ssDNA)로 분리시킨다. 높은 온도일수록 단일가닥 DNA 로 잘 이행되지만 Taq DNA 중합효소도 온도가 아주 높은 상태에서는 변성되어 사용하지 못하게 될 수 있으므로 보통 94 °C로 한다. 첫 번째 주기(cycle)에서는 확실한 변성을 위하여 약 5분간 지속시킨다.

=== 시발체 (Primer)의Primer의 결합 (Annealing) ===

50 °C ~ 65 °C에서 진행된다. [[시발체]](Primer)가Primer가 자신의 [[염기서열]]과 [[상보성(생물)|상보]]적인 염기서열을 갖고 있는 DNA에 결합하는 단계이다. [[염기]]간의 결합은 G와 C는 세 군데에서 수소결합이 일어나고, A와 T는 두 군데에서 결합이 일어나므로 G-C 결합이 A-T결합보다 강하다. 따라서 G+C 비율에 따라 결합온도에 변화를 주는 것이 좋다. 사실 시발체를 만드는 것도 이 결합 온도(Annealing Temperature)를 고려하여 합성해야 한다. 일반적으로 G-C content 가 50%가 되는 primer 쌍을 이용하는 것이 바람직하다. 보통 30초가량 지속되는 이 단계에서 시발체의 [[DNA|5'→3'방향]]으로 DNA의 합성이 시작된다.

70 °C ~ 74 °C (Optimal temperature - 72 °C)에서 시행하며 원하는 PCR산물의 크기가 크거나 반응요소의 농도가 낮을 때에는 시간을 연장시킬 수도 있다. Taq 중합효소는 보통 1분에 2,000-4,000 염기쌍을 중합할 수 있으므로 원하는 PCR산물의 크기 1kb마다 1분 정도의 시간을 배당하면 충분히 반응이 일어난다. 마지막 cycle에는 약 10분 정도 시간을 충분히 주는 것이 좋다.

원하는 부분을 제대로 증폭시켰는지 확인하기 위해서 PCR산물의 크기를 비교할 수 있는 아가로스[[겔 전기 영동법|겔전기영동]]을 이용하는 것이 일반적이다. PCR산물의 크기는 DNA ladder라 불리는 것과의 비교를 통해 대략적으로 알 수 있다.