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사용되는 모든 결핵 치료 요법은 1953년 리팜피신이 등장하기 전까지는 18개월 또는 그 이상이 걸렸다. 1953년, 영국의 표준 치료는 3SPH/15PH 또는 3SPH/15SH<sub>2</sub>였다. 1965년부터 1970년 사이, EMB가 PAS를 대체했다. 1968년부터는 RMP가 결핵의 치료에 쓰였고, 1970년대 영국흉부협회(British Thoracic Society)의 연구는 2HRE/7HR이 효과적임을 보여주었다. 1984년, 영국흉부협회는 2HRZ/4HR가 2년 간 3% 안쪽의 재발률을 보일 만큼 효과적임을 보였다.<ref name="BTS1984">{{저널 인용 |저자= |제목=A controlled trial of 6 months' chemotherapy in pulmonary tuberculosis. Final report: results during the 36 months after the end of chemotherapy and beyond. British Thoracic Society |저널=British Journal of Diseases of the Chest |volume=78 |issue=4 |쪽=330~6 |작성년도=1984년 |작성월=10월 |pmid=6386028 |doi= 10.1016/0007-0971(84)90165-7 |last1= Britishthoracicsociety}}</ref><ref name="Ormerod1987">{{저널 인용 |저자=Ormerod LP, Horsfield N |제목=Short-course antituberculous chemotherapy for pulmonary and pleural disease: 5 years' experience in clinical practice |저널=British Journal of Diseases of the Chest |volume=81 |issue=3 |쪽=268~71 |작성년대=1987 |작성월=7월 |pmid=3663498 |doi=10.1016/0007-0971(87)90160-4}}</ref> 1995년, INH의 내성이 증가한다는 인식과 함께, 영국흉부협회는 EMB 또는 STM을 요법에 포함시킬 것을 추천하였다. 2HREZ/4HR 또는 2SHRZ/4HR 로, 현재 추천되는 요법이다. WHO 또한 2개월 간의 치료 후에도 배양균이 양성 반응을 보이거나(결핵균이 모두 듣는 환자의 15% 정도), 치료 초기에 양쪽으로 심한 공동이 있는 경우 HR의 상태를 6개월 간 유지할 것을 추천하였다.
 
=== 중추신경계의 결핵 ===
결핵은 중추신경계(뇌 또는 척수)에도 영향을 줄 수 있는데, 이 경우는 각각 [[결핵성 수막염]], 결핵성 뇌염, 결핵성 척수염이라 부른다. 기본적인 치료로 12개월간의 약(2HREZ/10HR)과 스테로이드가 필수적이다.
 
뇌척수액 배양균의 절반 미만의 경우에 양성반응을 보여 진단이 어려우며, 임상적인 의심만으로 치료하는 경우가 상당 부분을 차지한다. 뇌척수액의 [[폴리메라아제 연쇄 반응]]은 미생물학적 결과를 크게 향상시키지 못한다. 배양이 가장 민감한 방법으로, 최소 5ml(20ml 가 선호됨)의 뇌척수액으로 분석을 의뢰한다. 뇌에 발생하는 결핵은 뇌척수액이 보통 정상이어서 분석을 위해 뇌 조직 검사가 필요할 수 있는데, 그렇다고 하더라도 이는 항상 가능한 것은 아니며, 일부 의사들은 항결핵제의 시도로 같은 결과를 얻을 수도 있는데 환자를 외과적인, 그리고 잠재적으로 위험한 수술을 정당화할 수 있는지 논쟁을 벌이기도 한다.
 
결핵성 수막염의 치료는 단기 요법(예를 들면 6개월)으로 충분할 수 있지만, 이와 관련된 임상적 실험은 없다. 결핵성 수막염 환자의 뇌척수액은 보통 12개월 후에도 비정상이다.<ref name="Kent1993">{{저널 인용 |저자=Kent SJ, Crowe SM, Yung A, Lucas CR, Mijch AM |제목=Tuberculous Meningitis: A 30-Year Review |저널=Clin Infect Dis |pages=987~94 |pmid=8110957 |volume=17 |작성년도=1993년 |issue=6 }}</ref> 정상으로 회복되는 속도는 임상적인 진척과 성과와는 관련이 없다.<ref name="Teoh1986">{{저널 인용 |저자=Teoh R, O'Mahony G, Yeung VTF |제목=Polymorphonuclear pleocytosis in the cerebrospinal fluid during chemotherapy for tuberculous meningitis |저널=J Neurol |작성년도=1986년 |volume=233 |issue=4 |pages=237~41 |doi=10.1007/BF00314027 |pmid=3746363}}</ref> 또한, 치료 기간을 늘리거나 치료를 되풀이해야 함을 의미하지 않는다. 따라서, 다시 치료의 모니터링을 위해 요추천자로 뇌척수액을 채취하지는 않는다.
 
결핵성 수막염과 결핵성 뇌염이 함께 구분되지만, 여러 의사들의 경험상 이들의 진행과 치료에 대한 반응은 서로 다르다. 결핵성 수막염은 보통 치료에 부응하지만, 결핵성 뇌염은 치료가 (2년까지) 길어질 수 있으며, 종종 스테로이드 치료 또한 (6개월까지) 연장될 수 있다. 결핵성 수막염과는 달리, 결핵성 뇌염은 진행 상태의 모니터링을 위해 종종 뇌에 대한 반복적인 [[컴퓨터 단층촬영]](CT)이나 [[자기 공명 화상]](MRI)가 필요하다.
 
중추신경계 결핵은 혈액을 매개로 한 확산에서 부차적인 것일 수 있다. 그러므로, 일부 전문가들은 [[속립성 결핵]] 환자의 척수액의 규칙적으로 표본 추출을 옹호한다.<ref name="Chang1998">{{저널 인용| 저자=Central nervous system tuberculosis after resolution of miliary tuberculosis| 저널=Pediatr Infect Dis J| volume=17| issue=6| pages=519 ~ 523| 작성년도=1998년| 저자=Chang AB ''et al.''| pmid=9655548| doi=10.1097/00006454-199806000-00019 }}</ref>
 
중추신경계 결핵의 치료에서 가장 유용한 항결핵 약제들은 다음과 같다.
* INH (중추신경계 침투 100%)
* RMP (10 ~ 20%)
* EMB (25 ~ 50% 수막염만 해당)
* PZA (100%)
* STM (20% 수막염만)
* [[리네졸리드]] (20%)
* [[사이클로세린]] (80 ~ 100%)
* [[에티오나미드]] (100%)
* [[아미노살리실산]](PAS) (10 ~ 50% 수막염만)
 
결핵성 수막염에서 스테로이드는 정례적으로 사용된다.(아래 항목 참조)
 
=== 스테로이드 ===
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