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2개월 간의 HREZ 복용 후 환자가 이소니아지드에 내성이 있는 결핵에 감염되었음이 판명되면, RE 로 바꾸어 10개월을 더 복용해야 한다. 이는 이소니아지드를 먹지 못하는 환자의 경우에도 마찬가지이다.(제대로 된 감독하에서는 2REZ/7RE 가 허용될 수도 있다.) 미국에서는 6RZE에 선택으로 목시플록사신과 같은 퀴놀론을 추가하는 것을 추천한다. 이러한 모든 요법에 대한 증거는 그리 많지 않으며, 어느 것이 특별히 낫다고 추천하기는 어렵다.
 
=== 리팜피신을 제외한 요법 ===
결핵균이 이소니아지드에 내성을 갖지 않고 리팜피신에 내성을 갖게 되는 경우는 드물다.<ref name="PLOS2008">{{저널 인용 |저자=O'Riordan P, Schwab U, Logan S ''et al.'' |제목=Rapid molecular detection of rifampicin resistance facilitates early diagnosis and treatment of multidrug-resistant tuberculosis: case control study |저널=PLoS ONE |volume=3 |issue=9 |pages=e3173 |작성년도=2008년 |doi=10.1371/journal.pone.0003173|pmid=18779863|pmc=2526158}}</ref> 하지만, 리팜피신에 대한 과민증은 드물지 않다.([[간염]]이나 혈소판 감소는 리팜피신 복용을 중단하는 가장 흔한 원인이다.) 또한, 1차 치료 약제 중 리팜피신은 가장 비싸고, 따라서, 빈곤이 심한 나라에서는 리팜피신을 제외한 요법이 종종 사용된다. 리팜피신은 결핵 치료에서 사용할 수 있는 가장 강력한 살균 약제이며, 리팜피신을 뺀 모든 치료 요법은 표준 요법보다 월등히 길다.
 
영국내에서는 18HE 또는 12HEZ를 추천한다. 미국내에서는 9 ~ 12HEZ에 퀴놀론계 항균제(예를 들면, MXF)를 선택적으로 사용할 것을 추천한다.
 
=== 피라진아마이드를 제외한 요법 ===