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처방이나 조제의 오류는 일부 환자가 치료에 차도를 보이지 않는 이유가 된다. 드물게는 면역 결핍으로 나아지지 않기도 한다. 소수의 환자에서는, 극도의 생물학적 변형으로 치료에 실패하여 원인을 찾을 수 없는 경우도 있다.
 
일부 환자들은, 치료를 위한 모든 약제와 외과적 선택이 소진될 수 있고, 그렇게 되면 환자와 가족들에 해당 환자가 결핵으로 사망할 가능성이 높음을 통보해야 한다. 이때, 치료는 존엄사가 가능하도록 호흡기 증상의 완화와 영양, 심리적인 지원에 집중하여야 한다.<ref>{{저널 인용 |제목=Treatment of multidrug-resistant and extensively drug-resistant tuberculosis: current status and future prospects |저널=Expert Review of Clinical Pharmacology |volume=2 |pages=405~421 |작성년도=2009년 |doi=10.1586/ecp.09.19 |성=Tam |이름=Cheuk-Ming}}</ref>
 
== 재발 환자 ==