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굴드는 많은 독자들에게 자신의 진화 이론을 알리기 위해 많은 저작을 남긴 열정적인 학자였다. 그의 저작에서 반복되어 설명되는 주제는 진화의 발달사, 진화 이론의 역사 등이었다. 굴드는 [[야구]]를 무척이나 좋아한 팬이었고 야구와 관련된 많은 글을 남겼다. 2003년 굴드의 야구와 관련된 글들을 모은 유작 《트럼프와 머드빌의 비극》이 출간되었다.<ref>Gould, S. J. (2003). [http://books.google.com/books?id=XIJ-ay4GJ_kC&pg=PA Triumph and Tragedy in Mudville]. New York: W. W. Norton & Co. See his essays: "[http://www.nybooks.com/articles/4337 The Streak of Streaks,]" "Thcience Studies," and "[http://archive.is/20120628234359/findarticles.com/p/articles/mi_m1134/is_2_111/ai_83553539/ Baseball's reliquary: the oddly possible hybrid of shrine and university]"</ref>
 
진화론자로서진화 생물학자로서 굴드는 [[현대 진화 이론]]을 따르는 어떤 학자보다도 [[점진주의]]와 [[환원주의]]를 경계하였다. 굴드는 [[사회생물학]]이나 이에 영향을 받아 생겨난 [[진화심리학]]과 같은 학문에 대해 격렬한 반대를 나타내었다. 또한 [[창조과학]]이나 [[지적설계론]]과 같은 [[창조론]]에 대한 반대에도 앞장서 싸웠다. 가장 주목을 받았던 사건 가운데 하나는 1981년 벌어진 법정 공방인 맥린 대 아칸소 주 사건에서 증인으로 나선 것이다. 맥린은 [[아칸소 주]]에서 창조과학이 [[진화 이론]]과 동등하게 교육되어야 한다고 제정된 주정부법 590호의 철회를 요청하였으며 굴드는 이를 지지하는 증인으로 채택되었다.<ref>[http://www.talkorigins.org/faqs/mclean-v-arkansas.html McLean v. Arkansas Board of Education],Decision by U.S. District Court Judge William R. Overton</ref><ref group="주해">아칸소 주정부법 590호는 [[기독교 근본주의]]가 주의회를 압박한 결과 만들어진 법이었으며 이 재판 결과 [[창조과학]]은 [[과학]]이 아닌 [[종교]]라는 점과 따라서 주정부법 590호는 무효라는 판결이 나왔다. 자세한 내용은 주석의 판결문을 참조할 것</ref> 굴드는 이를 계기로 "중첩되지 않는 권위"라는 개념을 수립하였다. 이것은 과학과 종교가 서로 다른 영역을 대상으로 하는 별개의 권위를 기반으로 한다는 개념이다. 굴드는 이후 여러 차례 출간된 그의 저서들에서 이 개념을 발전시켜 나갔다. 중첩되지 않는 권위와 관련한 굴드의 생각은 1999년 《시대의 바위》, 2003년 《고슴도치, 여우, 그리고 마지스터의 두창》등에 소개되어 있다. 1982년 《내츄럴 히스토리》에 기고한 칼럼에서 굴드는 다음과 같이 밝히고 있다.
 
{{인용문2|인간이 일반적인 선(善)을 분간하지 못하는 것은 통찰력이 없다거나 능력이 없어서가 아니라 도덕 관념이 인간의 본능이 아니기 때문이다. 도덕성은 철학자, 신학자, 인문주의자 그리고 모든 지각있는 사람들이 다루는 주제이다. 천성이나 과학적 데이터에서는 이에 대한 답변을 구할 수 없다. 우리는 무엇이 선이고 악인지, 지켜야할 지고의 선은 무엇이고 어떤 것은 바꾸어야 하는지 같은 질문의 답변을 실제의 세계에서 얻을 수는 없다.|굴드, 1982년<ref>Gould, S. J. (1982). "[http://www.stephenjaygould.org/library/gould_nonmoral.html Nonmoral Nature.]" Natural History 91 (Feb.): 19–26.</ref>}}