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폐에 영향을 주지 않는 결핵을 '폐외 결핵'이라 한다. 단, [[중추신경계]]의 질병은 이에 해당되지 않는다.
 
[[영국]]과 [[세계 보건 기구|WHO]]는 2HREZ/4HR, 미국에서는 2HREZ/7HR을 추천한다. 무작위-통제 실험(randomised-controlled trials)으로는, 임파선 결핵<ref>{{저널 인용 |저자=Campbell IA, Ormerod LP, Friend JA, Jenkins PA, Prescott RJ |제목=Six months versus nine months chemotherapy for tuberculosis of lymph nodes: final results |저널=Respiratory Medicine |volume=87 |issue=8 |쪽=621~3 |연도=1993 |작성월=11 |pmid=8290746 |doi=10.1016/S0954-6111(05)80265-3}}</ref> 과 척추 결핵<ref>{{저널 인용 |저자=Upadhyay SS, Saji MJ, Yau AC |제목=Duration of antituberculosis chemotherapy in conjunction with radical surgery in the management of spinal tuberculosis |저널=Spine |volume=21 |issue=16 |쪽=1898~903 |연도=1996 |작성월=8 |pmid=8875723 |doi=10.1097/00007632-199608150-00014}}</ref><ref>{{저널 인용 |제목=Five-year assessment of controlled trials of short-course chemotherapy regimens of 6, 9 or 18 months' duration for spinal tuberculosis in patients ambulatory from the start or undergoing radical surgery. Fourteenth report of the Medical Research Council Working Party on Tuberculosis of the Spine |저널=International Orthopaedics |volume=23 |issue=2 |쪽=73~81 |연도=1999 |pmid=10422019}}</ref><ref>{{저널 인용 |저자=Parthasarathy R, Sriram K, Santha T, Prabhakar R, Somasundaram PR, Sivasubramanian S |제목=Short-course chemotherapy for tuberculosis of the spine. A comparison between ambulant treatment and radical surgery--ten-year report |journal=The Journal of Bone and Joint Surgery. British Volume |volume=81 |issue=3 |쪽=464~71 |연도=1999 |작성월=5 |pmid=10872368 |url=http://www.jbjs.org.uk/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=10872368}}</ref> 의 경우, 6개월 치료가 9개월 치료와 같았다는 증거가 있다.
 
림프절의 결핵(결핵성 임파선염) 환자의 25%는 치료 중 악화된 후 호전되며, 이 현상은 통상 첫 번째 몇 개월에 일어난다. 치료를 시작한 후 수 주 간은 림프절이 종종 확장되며, 이전에 고형 림프절이 파동(fluctuant)이 될 수 있다. 이러한 현상은 치료의 실패로 해석되어서는 안되며, 환자(그리고, 의사)가 불필요하게 당황하게 되는 흔한 원인이기도 하다. 인내를 가지고, 2 ~ 3개월을 치료하면 림프절은 다시 줄어들며, 림프절 조직의 재검사는 필요하지 않다. 반복된 미생물학적 연구를 지시한다면, 이들은 여전히 동일한 감수성 패턴을 갖는 세균이 있음을 보여줄 것이며, 혼동만 더할 것이다. 결핵 치료에 경험이 없는 의사들은 이때에 치료가 듣지 않는다는 생각으로 2차 약제를 추가하기 쉽다. 이러한 모든 상황에서는 안도가 필요하다. 고통이 있다면, 스테로이드가 붓기를 가라앉히는 데에 유용할 수 있으나, 반드시 필요하지는 않다. 추가적인 항생제는 필요하지 않으며, 치료 요법은 더 늘어날 필요가 없다.