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해롤드의 죽음 뒤 보안관부에서 로라의 비밀 일기장을 가져가게되고, 그곳엔 아버지의 친구인 [[밥]]이 그녀를 어릴때부터 계속 강간해 왔으며 그것을 견디기 위해 약을 사용하게 되었다고 적혀있었다. 쿠퍼는 벤 혼이 범인이라고 생각한다. [[밥]]이 기생하고 있던 것은 릴렌드였다는 사실이 밝혀지고, 릴렌드는 매디를 죽인다. 매디의 시체가 발견된 후, 쿠퍼는 벤 혼이 범인이 아니라고 생각을 바꾸고, 용의자들을 한 곳에 모아 범인을 밝혀낼 계시를 받고자한다. 용의자들이 모두 모인 곳에서 거인이 나타나고, 거인은 [[밥]]이 릴렌드에 기생하고 있다는 것과 그가 로라와 매디를 죽였다는 것을 말해준다. [[밥]]은 릴렌드의 몸과 정신을 빼앗아 자신이 살인을 저질렀다는 것을 인정한 후, 릴렌드를 자살하게 한다. [[밥]]은 릴렌드를 떠나고, 정신은 또렷해졌지만 죽어가고 있던 릴렌드는 쿠퍼에게 어렸을 때 [[밥]]이 자신의 몸속으로 들어왔고, 그후로 쭉 기생하고 있었다고 말한다. 그는 용서를 빌고, 로라의 환영을 보며 죽는다. 트루먼은 릴렌드가 정말 밥에게 홀렸던 것인지 아니면 정신병이 있었던 것인지 의심한다. 그리고 이제 자유의 몸이 된 [[밥]]이 다른 사람에게 기생하게 될 지 걱정한다.
수사가 끝난 쿠퍼는 트윈픽스를 떠날 준비를 하지만, 진 르넷이 쿠퍼를 마약유통범으로 몰면서 [[FBI]]에서 정직된다. 진 르넷은 형제인 자끄 르넷의 죽음이 그에게 책임이 있다고 생각한다. 진 르넷은 경찰과의 총격적에서 죽고, 쿠퍼는 다시 복직하게 된다. 쿠퍼의 스승이자 파트너였던 [[윈덤 얼]]이얼이 트윈픽스로 오게된다. 쿠퍼와 [[윈덤 얼]]이얼이 파트너였을때, 윈덤 얼의 아내 - 캐롤라인이 증인보호 프로그램에 들어가면서 쿠퍼와 만났고, 그 둘은 윈덤 얼 모르게 바람을 피웠다. 윈덤 얼은 정신이 나가버리고, 캐롤라인을 죽인 후 쿠퍼를 칼로 찌르고 정신병원에 들어간다. 그 후 병원에서 탈출해, 트윈픽스 근처의 유령숲에서 쿠퍼에게 복수를 하려고 숨어있다. 윈덤 얼은 체스게임을 하면서, 상대방의 말을 잡을 때 마다 한 명씩 죽이고 있다. 쿠퍼는 [[밥]]의 근원지에 대해 알아내려고 노력하고, 트윈픽스의 주변에 둘러싼 유령숲의 비밀에 대해 알아가게된다. 그는 흰 오두막과 검정 오두막이라는 [[천국]],[[지옥]]과 비슷한 차원이 존재하고, 그곳으로 가는 문이 [[유령숲]] 어딘가에 있다는 것을 알게된다. 쿠퍼는 [[밥]],거인,[[다른 곳에서 온 자]] 모두 두 개의 오두막 중 한 곳에서 나왔다는 것을 밝혀낸다. 그 와중, [[밥]]은 기생할 다른 몸의 주인을 찾아 헤메인다. 조시 패커드가 시즌 1 마지막에 쿠퍼를 쏘았던 것으로 밝혀지고, 트루먼과 쿠퍼가 그녀를 체포하려는 과정에서 죽고만다. 조시 패커드가 죽어갈 때에, 밥이 그녀의 두려움에 끌려 잠깐 나타난다. 쿠퍼는 애니 블랙번이라는 마을에 새로 이사온 여자와 사랑에 빠진다. 애니가 미스 트윈픽스 대회에서 우승 하자, 윈덤 얼이 그녀를 납치해 유령숲안의 입구로 검은 오두막에 들어간다. 쿠퍼는 윈덤 얼이 트윈픽스에 온 진짜 이유는 복수를 위해서가 아니라, 검은 오두막을 찾고 그 힘을 소유하기 위해서라는 것과, 체스게임은 그것을 감추기 위한 장치였다는 것을 깨닫는다.
쿠퍼는 애니와 윈덤 얼을 따라 검은 오두막으로 들어가고, 그곳은 그의 꿈에 나왔던 빨간 커텐으로 둘러쌓인 방이라는 것을 발견한다. 쿠퍼는 다른 곳에서 온 자와 거인, 로라 팔]의팔머의 영혼과 마주친다. 로라 팔머의 영혼은 쿠퍼에게 암호화 된 언어로, 그의 미래와 검은 오두막이 시간과 공간을 거스른다는 것을 말해준다. 애니와 얼을 찾아 헤메이던 중, 쿠퍼는 릴렌드 팔머와 매기 퍼거슨 같이 이미 죽은 사람들의 [[도플갱어]]를 만난다. 그들은 쿠퍼에게 이상한 경고를 하다가 후에 쿠퍼를 윈덤 얼에게 안내해준다. 윈덤 얼은 애니를 되찾고 싶다면 자신에게 영혼을 달라고 요구하고, 쿠퍼가 동의함과 동시에 그는 윈덤 얼에게 살해당한다. 바로 후에, [[밥]]이 나타나 [[검은 오두막]]의오두막의 시간을 되돌리고, 쿠퍼를 살려낸다. [[밥]]은 [[윈덤 얼]]에게얼에게 사람의 영혼을 가져갈 수 없다고 말하고, 윈덤 얼을 죽이고 그의 영혼을 빼앗아 간다. [[밥]]은 쿠퍼로 변하고, 검은 오두막에서 처음으로 공포를 느낀다. 쿠퍼는 자기자신의 도플갱어와 [[밥]]에게 쫓겨 오두막을 도망쳐나온다.
오두막에 쿠퍼와 애니가 들어간지 시간이 좀 흘러, 쿠퍼를 계속 기다리고 있었던 트루먼이 그 둘을 다시 발견한다. 애니는 병원에 후송되었지만 쿠퍼는 외상이 작아 의사 윌 헤이워드가 쿠퍼의 호텔방에서 그를 치료한다. 쿠퍼는 일어나자마자 애니의 상태를 묻고, 이를 닦아야 한다고 말한다. 쿠퍼가 화장실로 들어가서 거울을 보자 [[밥]]의 모습이 비추고, 그는 사실 검은 오두막의 도플갱어라는 것이 드러난다. 그는 머리를 거울에 부딪히고 미친듯이 웃는다.
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