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2003년 [[에딘버러]] 대학의 [[스코틀랜드]]의 [[과학자]]들과 로즐린 협회는 [[무지개송어]]의 탐구 행동들은 종종 다른 동물들간의 관계에서 생겨나는 [[고통]]과 연관된다고 결론내렸다. 입술 안에 투여된 [[벌침]]에 있는 [[독]]과[[아세트산]]은 물고기로 하여금 몸을 뒤흔들게 하고, 그들의 입술을 수조벽과 바닥 주변에 문지르게하는 결과를 낳았다.<ref>[http://www.buzzle.com/editorials/4-30-2003-39769.asp Vantressa Brown, “Fish Feel Pain, British Researchers Say,” Agence France-Presse, 1 May 2003]</ref>
<ref>{{웹 인용|url=http://news.bbc.co.uk/1/hi/sci/tech/2983045.stm|제목=과학자들, 물고기는 고통을 느낀다라고 발표(영어: Fish do feel pain, scientists say) | work=BBC News | date=30 April 2003 | accessdate=4 January 2010}}</ref>
<ref name="grandin183">{{서적 인용 |제목= Animals in Translation|last성1= Grandin|이름이름1= Temple|authorlink= Temple Grandin|coauthors성2= Johnson, |이름2=Catherine|year= 2005|출판사= Scribner|location= New York, New York|isbn= 0743247698|page= |pages= 183–184|url= }}</ref> [[뉴런]]은 인간의 [[뉴런]]반응양식과 비슷하게 반응한다.<ref name="grandin183" />
 
[[와이오밍]] 대학의 제임스 D. 로즈 교수는 위의 실험이 물고기가 "인지적 자각, 특히 우리 인간과 의미가 있을만큼 비슷하다고 판단할 수 있는 자각"을 갖고 있다는 증거를 제공하지 않았기에 그 연구에 오류가 있다고 주장했다.<ref>[http://www.nal.usda.gov/awic/pubs/Fishwelfare/RoseC.pdf Rose, J.D. 2003. A Critique of the paper: "Do fish have nociceptors: Evidence for the evolution of a vertebrate sensory system"]</</ref> 로즈교수는 "[[어류]]의 [[뇌]]는 인간에게 있어서의 "자각"이 없다라고 볼만큼 [[인간]]의 뇌와는 너무 많이 다르기 때문에, 인간의 그것과 비슷해보이는 고통에 대한 반응도 사실은 다른 이유를 가졌다"라고 논쟁한다.<ref>James D. Rose, [http://cotrout.org/do_fish_feel_pain.htm Do Fish Feel Pain?], 2002. Retrieved 2007년 9월 27일.</ref> 그러나 동물학자인 [[템플 그랜딘]]은 [[어류]]는 "다른 종(영어:species)들은 같은 기능을 수행하기 위해 다른 [[뇌]]의 구조와 시스템들을 사용할 수 있기 때문에, [[대뇌]]의 [[신피질]]이 없이도 [[어류]]는 여전히 자각을 갖는다."라고 논쟁한다.<ref name="grandin183" />
 
=== 근육기관 ===
 
대부분의 [[어류]]는 대안적 방법인 [[등뼈]] 양옆에 위치하는 쌍으로 존재하는 [[근육]]들을 [[수축]]함으로써 움직인다. 이러한 [[근육]]의 [[수축]]은 몸을 따라 내러가는 S자 모양의 곡선들을 형성한다. 각각의 곡선이 꼬리 지느러미에 닿으면서, 뒤로 향하는 힘이 물에 작용한다. 그리고 꼬리 [[지느러미]]와 함께 물고기는 앞으로 나아간다. [[어류]]의 [[지느러미]]들은 [[비행기]]의 [[보조익]]처럼 작용한다. 또한 이들은 꼬리의 표면적을 넓힘으로써 속도를 증가시켜준다. 유선형의 몸체는 물에서부터 오는 [[마찰]]의 양을 줄여준다. 몸체를 구성하는 조직들이 [[물]]보다 [[밀도]]가 높기에 [[어류]]들은 그 차이를 보상해내지 못하는한 가라앉을 수 밖에 없다. 많은 [[경골어류]]들은 기체의 조절을 통해 그들의 [[부력]]을 조절해주는 [[부레 (기관)|부레]]라는 내부기관을 지닌다.
 
[[어류]]의 생식기관에는 [[정소]]와 [[난소]]가 있다. 대부분의 종에서 이와같은 [[생식소]]들은 부분적으로나 완전하게 융합될 수 있는 비슷한 크기의 대응되는 한 쌍으로 되어있다.<ref name="Guimaraes" /> 생식의 성공률을 높이기 위한 이차기관들이 있는 종도 있다.
 
[[정원세포]](영어: spermatogonia)의 분배라는 관점에서 보면, [[경골어류]]의 [[정소]]는 두가지 종류로 나뉜다. 첫 번째는 [[정세관]](영어: seminiferous tubule)의 모든 부분에서 [[정원세포]]가 발생하는 가장 흔한 케이스이고, 두 번째는 ''아테리노몰프 물고기''에 보이는 이러한 구조들의 말단에서만 국한되어 [[정소]]가 발생하는 케이스이다. 물고기들은 포낭안에서 [[정세관]]의 안쪽면을 향해 [[생식세포]]를 놓아주는 상태에 따라 포낭형 혹은 반 포낭형의 [[정자발생]](영어:spermatogenesis)을 나타낼 수 있다.<ref name="Guimaraes">{{저널 인용|저자1=Guimaraes-Cruz, Rodrigo J.|coauthors저자2=Santos, José E. dos; |저자3=Santos, Gilmar B.|제목=Gonadal structure and gametogenesis of ''Loricaria lentiginosa'' Isbrücker (Pisces, Teleostei, Siluriformes)|journal=Rev. Bras. Zool.|날짜=July/Sept. 2005|volume=22|issue=3|pages=556–564|id=ISSN 0101-8175}}</ref>
 
물고기의 [[난소]](영어:ovary)는 세가지의 종류로 나눌 수 있다. 이들은 [[짐오베리안]], 이차[[짐오베리안]] 혹은 [[시스트오베리안]]이 그것들이다. 첫 번째 분류에서는 [[난모세포]](영어:oocyte)들은 [[체강]](영어:coelom)의 공동으로 직접적으로 방출된 후, 구멍으로 들어가 [[수란관]](영어:oviduct)을 지난 후 제거된다. 이차[[짐오베리안]] 형태의 [[난소]]는 [[난자]](영어:ova)를, 그것들이 직접적으로 [[수란관]](영어:oviduct)으로 가는 [[체강]](영어:coelom)안에 흘린다. 세 번째 부류에서는 [[난모세포]](영어:oocyte)들은 [[수란관]](영어:oviduct)를 통해 외부로 이동된다.<ref name="Brito">{{저널 인용|url=http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352003000500018|제목=Reproduction of the surubim catfish (Pisces, Pimelodidae) in the São Francisco River, Pirapora Region, Minas Gerais, Brazil|성1=Brito|이름이름1=M.F.G.|coauthors성2=Bazzoli, |이름2=N.|journal=Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia|volume=55|issue=5|년도=2003|id=ISSN: 0102-0935|doi=10.1590/S0102-09352003000500018}}</ref> [[짐오베리]]는 [[폐어]], [[철갑상어]], 그리고 [[보우핀]]등에서 발견되는 원시적 형태이다. [[시스트오베리]]는 [[난소]] 안쪽 벽이 [[수란관]]과 연결된 [[경골어류]]의 특징 중의 하나이다.<ref name="Guimaraes" /> 이차[[짐오베리]]는 [[연어]]과와 약간의 다른 [[경골어류]]에서 발견된다.
 
[[경골어류]]에서의 [[난조세포]](영어:Oogonia)의 발전은 군에 따라 다르다. 또한 난자발생의 역학을 결정하는 것은 [[성숙분열]](영어:maturation)과 [[수태]](영어:fertilization)의 과정의 이해를 가능케 한다. [[세포핵|핵]], [[난형질]](영어:ooplasm), 그리고 감싸는 층들의 변화는 [[난모세포]](영어:oocyte)의 [[성숙분열]](영어:maturation) 과정을 특징짓는다.<ref name="Guimaraes" />
[[어류]]는 하나의 [[단일계통적]](영어:monophyletic)인 군을 보여주지 않는다. 따라서 ''[[어류]]의 [[진화]]''란 하나의 사건으로 연구되지 못한다.<ref>G. Lecointre & H. Le Guyader, 2007, ''The Tree of Life: A Phylogenetic Classification'', Harvard University Press Reference Library</ref>
 
[[어류]]의 [[확산]]은 명백히 관절이 있는[[턱]]의 출현에 기인한다. 왜냐하면 [[무악어]]들은 아주 적은 후손들만을 남겼기 때문이다.<ref>[http://io.uwinnipeg.ca/~simmons/1116/chordate.htm Classification of the Chordates] Evolution, ecology and biodiversity 05-1116-3, University of Winnipeg. Retrieved 7 April 2007. {{웨이백|url=http://io.uwinnipeg.ca/~simmons/1116/chordate.htm|date =200704161139052007-04-16|bot=DASHBot}}</ref>[[칠성장어]](영어:lamprey)들은 턱이 있기 전의 어류와 가깝다고 추측된다. 첫 번째로 진화된 턱뼈가 있는 [[어류]]는 [[판피어강]](영어: placodermi)의 화석에서 발견되었다. 관절이 있는 턱이 가진 이익이 더 큰 악력, 개선된 [[호흡]], 혹은 그 둘 모두를 주는 것인지 아닌지는 확실치 않다.
 
[[어류]]는 아마도 산호처럼 보이는 [[멍게]](영어: sea squirt)와 비슷한 생명체에서 진화한 것으로 보인다. 왜냐하면 이들의 [[유충]]이 [[원시어류]]와 중요한 여러 방면에서 비슷하기 때문이다. [[어류]]의 첫 번째 조상들은, 어쩌면 그 반대일지도 모르지만, 아마도 약간의 현존하는 [[멍게]]들이 지금도 하고 있는 [[유형성숙]]을 했을 것으로 보인다.