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선조 초에는 서인과 동인의 경쟁 체제가 유지되면서 큰 실정은 없었으나, [[1589년]](선조 22) [[기축옥사]](정여립 모반 사건)를 계기로 서인은 동인을 배제하고 정권을 잡는 데 성공하였다. 그러나 이 사건에는 동인 중 일부 급진 세력이 관련되었지만, 서인에 대한 동인의 감정을 자극하여, 2년 뒤인 [[1591년]](선조 24)에 동인은 서인 [[정철]]이 세자 책봉을 왕에게 건의한 사실을 문제 삼아 정철 일파를 내몰았다(→[[건저문제]]).
 
그때 [[조선 선조|선조]]가 동인의 편을 들어주면서 동인은 세력을 회복하게 되고, 정철의 처벌 문제로 인해 강경파(급진파)인 [[이산해]] 중심의 [[남명 조식|조식]]·서경덕계인 [[북인]](北人)과 온건파인 [[류성룡]] 중심의 [[이황]]계인 [[남인]](南人)으로 갈라졌다. 기축옥사 때 피해를 입은 세력이 조식·서경덕계였으므로 북인은 서인에 대한 반감이 컸다.
 
[[도요토미 히데요시]]가 [[일본]]을 통일하고 [[조선]]을 침략할 기미를 보이자 조선은 [[일본]]에 사절단을 파견하였으나, 당시 조선은 [[일본]]이 침략할 가능성이 있는지 없는지를 놓고 소모적인 정쟁을 벌이기도 하였다.