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[[1859년]] [[찰스 다윈|다윈]]과 [[앨프리드 러셀 월리스|월리스]]에 의해 알려진 "진화"라는 현상은 ‘자연선택’에 따라 환경에 적응한 개체가 자연적으로 선택돼 살아남고 그 형질이 후대에 유전된다고 주장했다. 당시 다윈은 “지구에 사는 수많은 종(種)이 공동조상들로부터의 거듭된 분화의 결과물”이라는 연구결과를 발표했으며, 이것을 인간의 조상은 원숭이라는 뜻으로 잘못 해석한 일부 종교 지도자들은 이것이 종교에 대한 모독과 신성에 대한 도전이라고 생각하여 분노를 표출했기에 과학과 종교의 대립구도가 나타나기도 했다.
 
[[과학과 종교의 관계]]는 이후 대진화가 화석, 분자 계통도, 형질의 상동/상사, 종분화 실험 등으로 지지되며, 수많은 반증시도를 통과하여 과학적 사실로 받아들여지게 되면서,<ref>Heller, H. Craig et al, 《Principles of life》, Macmillan, 2012. 288~364pp.</ref> 종교계 내에서도 과학적 사실인 진화를 받아들여야 한다는 목소리가 높아지게 되었다. 다윈에 의해서 제창되었던주장되었던 진화론은 집단유전학, 발생학과 결합하여 더 체계적인 진화생물학이 되었으며, 진화는 동물행동과 같이 더 복잡한 생물 형질의 자연발생을 이해하는 관점을 제공하는 현대 생물학의 주요 개념으로 자리잡게 되었다.
 
[[자유주의]]와 [[복음주의]]의 대부분의 기독교에서는 이러한 과학적 사실을 받아들임으로서 [[유신진화론]]이라 불리는 신학을 발달시켜나갔으나, 극보수주의적 [[근본주의|근본주의 기독교]]에서는 "과학자들조차 진화 과정의 시작을 설명하지 못한다", "원숭이가 사람을 낳을 수 있느냐" 등의 의도적인 [[반지성주의]]를 앞세워 과학에 대한 이해 부족을 계속해서 보여주었다. (진화는 생명의 역사와 과정에 관한 연구이지 생명의 기원과는 무관하다.)