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===== 지역인사 편중 반대 =====
그는 국정원장 재직 중 특정 지역의 인사들이 실국장, 단장급 이상의 고위직을 독차지하는 것을 반대했다. 이종찬과 가까운 한 전직 국정원 관계자의 증언에 의하면 이종찬이 [[엄익준]]의 2차장 임명을 반대한 것은 호남인맥호남인맥의 과도한 편중에 대한 우려 때문이었다고 한다.<ref name="uikori">[http://news.donga.com/List/Series_70000000000046/3/70000000000046/20030312/7922259/1 <nowiki>[</nowiki>秘話 국민의 정부<nowiki>]</nowiki> 1부 ⑪국정원 호남마피아 득세]</ref> 그에 의하면 "사실 이종찬이 [[엄익준]] 차장에 반대한 중요한 이유 중 하나는 국정원의 호남 편중을 염려했기 때문이다. 이종찬이 원장으로 재임하는 동안 아슬아슬하게 균형을 유지하던 국정원 내 지역균형이 엄익준이 등장한 이후 급격히 무너졌다. 엄익준은 후에 [[진승현 게이트]]로 구속된 김은성(金銀星) 전 차장을 대전지부장에서 대공정책실장으로 발탁하는 등 국정원 요직을 호남 출신으로 채웠다.<ref name="uikori"/>" 한다.
그는 [[엄익준]] 외에도 특정 지역 출신들이 고위직을 독점하지 못하도록 지역 인사를 균형있게 안배하였다. 그 과정에서 [[김대중 정부]] 출범에 공이 있는 인사들이 일부 배제되었고 이는 김대중 정권, 동교동계와의 갈등으로 발전한다.
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