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* 2011년 6월 24일 [[경쟁규제기관|공정거래위원회]]는 남양유업 등 4개 업체가 담합하여 치즈 가격을 인상한 것에 대해 시정 명령을 내리고, 남양유업에 대해 22억 5천 100만원의 과징금을 부과하였다.<ref>{{뉴스 인용|제목=공정위, 서울우유등 4개 업체 치즈값 담합 적발 '106억 과징금'|url=http://www.newsen.com/news_view.php?uid=201106261513044100|출판사=뉴스엔|저자=박영웅|날짜=2011-06-26|g확인날짜=2015-04-01}}</ref> 이에 대해 남양유업은 불복하여 공정위를 상대로 시정명령 및 과징금 납부명령 취소 청구소송을 냈으나 대법원에서 최종적으로 패소했다.<ref>{{뉴스 인용|제목=‘치즈가격 담합’ 남양유업 과징금 소송 패소 확정|url=http://www.asiae.co.kr/news/view.htm?idxno=2013022711351842248|출판사=아시아경제|저자=정준영|날짜=2013-02-08|g확인날짜=2015-04-01}}</ref>
* 남양유업은 컵커피 시장에서도 경쟁사인 서울우유와 담합하여 공정위로부터 74억원의 과징금을 받았다.<ref>{{뉴스 인용|제목=남양유업 ‘컵커피 담합’ 74억 과징금 소송 패소|url=http://www.newsen.com/news_view.php?uid=201106261513044100|출판사=뉴스천지|저자=김지연|날짜=2013-12-11|g확인날짜=2015-04-01}}</ref>
* 남양유업은 매일우유와 함께 산부인과에 리베이트를 제공하다가 2010년 공정위에 적발되기도 했다.<ref>{{뉴스 인용|제목=매일·남양유업, 산부인과 리베이트 제공하다 덜미|url=http://www.nocutnews.co.kr/news/774474|출판사=노컷뉴스|저자=임미현|날짜=2010-11-18|확인날짜=2015-04-01}}</ref>
=== 노이즈 마케팅 논란 ===
2010년에 남양유업은 연예인 [[김태희]]를 내세워 "프림 속 화학적 합성품인 [[카제인나트륨]]을 뺐다."면서 커피믹스를 광고했고, 이는 소비자들에게 카제인나트륨이 인체에 유해한 물질이라는 착각을 일으켰다. 하지만, [[식품의약품안전청]]이 '카제인나트륨은 인체에 무해하므로 남양유업의 광고는 식품위생법 위반'이라는 견해를 내어 광고는 100일만에 중단되었다.<ref>{{뉴스 인용|제목=남양유업 vs 동서식품, 커피믹스 전쟁 점입가경|url=http://www.asiae.co.kr/news/view.htm?idxno=2011082317535782655|출판사=아시아경제|저자=조강욱|날짜=2011-08-23|확인날짜=2015-04-01}}</ref> 한편 남양유업은 모순되게도 자사의 어린이용 유제품에는 카제인나트륨을 그대로 사용하는 것이 밝혀져 소비자들이 반발하기도 했다.<ref>{{뉴스 인용|제목=카제인 나쁘다던 남양, 어린이용 유제품에 카제인 넣어|url=http://biz.chosun.com/site/data/html_dir/2012/04/22/2012042201461.html|출판사=조선비즈|저자=박지환·박성우|날짜=2012-04-23|확인날짜=2015-04-01}}</ref> 2013년에는 같은 방식으로 인산염 유해성 논란을 불러 일으켰다.<ref>{{뉴스 인용|제목=‘甲질 물의’ 남양유업, 이번엔 노이즈 마케팅 논란|url=http://news.newsway.co.kr/view.php?tp=1&ud=2013120316280016549&md=20131205181319_AO|출판사=뉴스웨이|저자=김아름|날짜=2013-12-05|확인날짜=2015-04-01}}</ref>
=== 음해 마케팅 논란 ===
2012년 남양유업이 산양분유 출시를 앞두고 경쟁사 제품에서 방사성 물질이 검출되었음을 암시한 문자를 발송하여 비방·음해 마케팅 논란이 일었다.<ref>{{뉴스 인용|제목=남양유업, 무차별 문자메시지로 음해마케팅?|url=http://www.kormedi.com/news/article/1204205_2892.html|출판사=코메디닷컴|저자=이오현|날짜=2012-08-09|확인날짜=2015-04-01}}</ref> 한편, 2007년부터 2011년까지의 5년간 공정위나 식약청으로 부터 허위·비방 광고로 인한 처분을 받은 사례 총 7건 중 3건이 남양유업이었다.<ref>{{뉴스 인용|제목=일동후디스-남양유업, 비방마케팅 갈등|url=http://sbscnbc.sbs.co.kr/read.jsp?pmArticleId=10000475113|출판사=SBS CNBC|저자=김날해|날짜=2012-08-11|확인날짜=2015-04-01}}</ref>
=== 짝퉁 제품 논란 ===
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