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이후 일어난 여진들은 이와테현 앞바다에서 이바라키현 앞바다까지 가로 약 200km, 세로 약 500km를 하는 진원역에 일어났다.<ref name="기상청 제15보"/> 규모 M5 이상의 여진은 3월 한 달간 466번 일어났다. 2016년 3월 9일까지 규모 M5 이상의 여진이 869회, M6 이상이 118회, M7 이상이 9회, 최대 진도 4 이상의 지진이 360회, 최대 진도 1 이상의 지진이 12,080회 일어났다.<ref name="기상청 여진"/> 규모 M5 이상 여진 횟수는 이전까지 일본 관측 사상 최다였던 [[1994년 홋카이도 동쪽 해역 지진]]의 4-5배였으며, 기록적인 속도로 여진 횟수가 늘어났다.<ref name="bosai48-01">{{웹 인용 |url = http://dil-opac.bosai.go.jp/publication/nied_natural_disaster/pdf/48/48-01.pdf |제목 = 2011年東北地方太平洋沖地震の概要 |출판사 = 岡田義光、防災科学技術研究所 |언어 = 일본어 |날짜 = |확인날짜 = 2017년 7월 17일 |보존url = https://web.archive.org/web/20131014182921/http://dil-opac.bosai.go.jp/publication/nied_natural_disaster/pdf/48/48-01.pdf |보존날짜 = 2013년 10월 14일 |깨진링크 = 아니오 }}</ref> 특히 후쿠시마현 하마도리에서 이바라키현 북부 사이의 지역은 4월 11일 최대 여진이 일어나는 등 활발한 지진 활동이 일어났으며, 2012년 8월까지 규모 M3 이상의 지진이 1,600회 이상 일어났다.<ref>{{웹 인용 |url = http://www.jishin.go.jp/main/chousa/12sep/p10.htm |제목 = 福島県浜通りから茨城県北部の地震活動 |출판사 = 地震調査研究推進本部 |언어 = 일본어 |날짜 = 2012년 9월 11일 |확인날짜 = 2017년 7월 17일 |보존url = https://web.archive.org/web/20170820163349/http://www.jishin.go.jp/main/chousa/12sep/p10.htm |보존날짜 = 2017년 8월 20일 |깨진링크 = 아니오 }}</ref>
 
이번 동일본대지진은 여진 자체의 횟수가 많았을 뿐만 아니라, 여진의 세기 또한 커서 여진 그 자체로만도 많은 피해를 보기도 했다. 본진이 일어난지 채 한 달도 안된 4월 7일에는 [[2011년 미야기현 해역 지진|미야기현 연안에 규모 M7.4, 최대 진도 6강의 여진]]이 일어나 4명이 사망했다.<ref name="기상청 제63보"/><ref name="기상청 제34보">{{웹 인용 |제목 = 「平成23年(2011年)東北地方太平洋沖地震」について(第34報) |url = http://www.jma.go.jp/jma/press/1104/08b/kaisetsu201104080115.pdf |출판사 = 일본 기상청 |format = PDF |언어 = 일본어 |날짜 = 2011년 4월 8일 |확인날짜 = 2017년 7월 17일 |보존url = https://web.archive.org/web/20130120032922/http://www.jma.go.jp/jma/press/1104/08b/kaisetsu201104080115.pdf |보존날짜 = 2013년 1월 20일 |깨진링크 = 아니오 }}</ref><ref name="소방청">[[일본 소방청]] 발표.</ref> 4월 11일에는 후쿠시마 현후쿠시마현 하마도리에 [[2011년 4월 후쿠시마현 하마도리 지진|규모 M7.0, 최대진도 6약의 여진]]<ref group="내용주">일본 기상청의 진도 추정 분포도에서는 이와키시 일부 지역에서 진도 7을 느꼈던 것으로 추정하고 있다.</ref>이 일어나 4명이 사망했다.<ref>{{웹 인용 |url = http://www.jma.go.jp/jma/press/1104/11b/201104111820.html |제목 = 平成23年(2011年)東北地方太平洋沖地震」について(第35報) |출판사 = 일본 기상청 |언어 = 일본어 |날짜 = 2011년 4월 11일 |확인날짜 = 2017년 7월 17일 |보존url = https://web.archive.org/web/20140509230801/http://www.jma.go.jp/jma/press/1104/11b/201104111820.html |보존날짜 = 2014년 5월 9일 |깨진링크 = 아니오 }}</ref><ref name="소방청"/> 본진 1년 후에도 활발한 지진 활동이 이어져, 2012년 3월 14일에는 지바현 동쪽 앞바다에 [[2012년 지바현 동쪽 해역 지진|규모 M6.1, 최대 진도 5강의 여진]]이 일어나 1명이 사망했다.<ref>{{웹 인용 |url = http://www.data.jma.go.jp/svd/eqev/data/gaikyo/weekly/zenkoku/zenkoku20120316_11.pdf |제목 = 週間地震概況(平成24年3月9日-3月15日) |출판사 = 일본 기상청 |언어 = 일본어 |날짜 = 2012년 3월 16일 |확인날짜 = 2017년 7월 17일 |보존url = https://web.archive.org/web/20150924043620/http://www.data.jma.go.jp/svd/eqev/data/gaikyo/weekly/zenkoku/zenkoku20120316_11.pdf |보존날짜 = 2015년 9월 24일 |깨진링크 = 아니오 }}</ref> 2012년 12월 7일에는 산리쿠 앞바다에 [[2012년 12월 산리쿠 해역 지진|규모 M7.3, 최대 진도 5약의 여진]]이 일어나<ref name="tohoku">{{웹 인용 |url = http://www.jma.go.jp/jma/press/1301/10a/1212tohoku.pdf |제목 = 東北地方の主な地震活動 |출판사 = 일본 기상청 |언어 = 일본어 |날짜 = 2013년 1월 10일 |확인날짜 = 2017년 7월 17일 |보존url = https://web.archive.org/web/20130214001305/http://www.jma.go.jp/jma/press/1301/10a/1212tohoku.pdf |보존날짜 = 2013년 2월 14일 |깨진링크 = 아니오 }}</ref> 최대 98cm의 지진해일이 일어나고 1명이 사망했다.<ref>{{웹 인용 |url = http://www.fdma.go.jp/bn/%E4%B8%89%E9%99%B8%E6%B2%96%E3%82%92%E9%9C%87%E6%BA%90%E3%81%A8%E3%81%99%E3%82%8B%E5%9C%B0%E9%9C%87%28%E7%A2%BA%E5%AE%9A%E5%A0%B1%EF%BC%89.pdf |제목 = 三陸沖を震源とする地震(確定報) |출판사 = 일본 소방청 |언어 = 일본어 |날짜 = 2012년 12월 20일 |확인날짜 = 2017년 7월 17일 |보존url = https://web.archive.org/web/20160304121046/http://www.fdma.go.jp/bn/%E4%B8%89%E9%99%B8%E6%B2%96%E3%82%92%E9%9C%87%E6%BA%90%E3%81%A8%E3%81%99%E3%82%8B%E5%9C%B0%E9%9C%87(%E7%A2%BA%E5%AE%9A%E5%A0%B1%EF%BC%89.pdf |보존날짜 = 2016년 3월 4일 |깨진링크 = 아니오 }}</ref> 2016년 11월 22일에는 후쿠시마현 앞바다에 [[2016년 후쿠시마현 해역 지진|규모 M7.4, 최대 진도 5 미만]]의 여진이 일어나 최대 높이 1.4m의 지진 해일이 일어났다.<ref>{{웹 인용 |url = http://www.jma.go.jp/jma/press/1611/22b/201611221100.html |제목 = 「平成23年(2011年)東北地方太平洋沖地震」について(第79報) -平成28年11月22日05時59分頃の福島県沖の地震- |출판사 = 일본 기상청 |언어 = 일본어 |날짜 = 2016년 11월 22일 |확인날짜 = 2017년 7월 17일 |보존url = https://web.archive.org/web/20161201022915/http://www.jma.go.jp/jma/press/1611/22b/201611221100.html |보존날짜 = 2016년 12월 1일 |깨진링크 = 아니오 }}</ref> 그 밖에도 [[2011년 7월 산리쿠 해역 지진|2011년 7월 10일]],<ref>{{웹 인용 |url = http://www.jma.go.jp/jma/press/1108/04a/1107jishin.html |제목 = 平成23年7月の地震活動及び火山活動について |출판사 = 일본 기상청 |언어 = 일본어 |날짜 = 2011년 8월 4일 |확인날짜 = 2017년 7월 17일 |보존url = https://web.archive.org/web/20140413135723/http://www.jma.go.jp/jma/press/1108/04a/1107jishin.html |보존날짜 = 2014년 4월 13일 |깨진링크 = 아니오 }}</ref> [[2013년 후쿠시마현 해역 지진|2013년 10월 26일]],<ref name="기상청 제71보">{{보도자료 인용 |url=http://www.jma.go.jp/jma/press/1310/26a/201310260410.html |제목 = 平成23年(2011年)東北地方太平洋沖地震」について(第71報) -平成25年10月26日02時10分頃の福島県沖の地震- |출판사 = 일본 기상청 |언어 = 일본어 |날짜 = 2013년 10월 26일 |확인날짜 = 2017년 7월 17일}}</ref>, [[2014년 후쿠시마현 해역 지진|2014년 7월 12일]]<ref name="jweek20140718">{{웹 인용 |url = http://www.data.jma.go.jp/svd/eqev/data/gaikyo/weekly/zenkoku/zenkoku20140718_29.pdf |제목 = 週間地震概況(平成26年7月11日〜7月17日) |출판사 = 일본 기상청 |언어 = 일본어 |날짜 = 2014년 7월 18일 |확인날짜 = 2017년 7월 17일 |보존url = https://web.archive.org/web/20150924043711/http://www.data.jma.go.jp/svd/eqev/data/gaikyo/weekly/zenkoku/zenkoku20140718_29.pdf |보존날짜 = 2015년 9월 24일 |깨진링크 = 아니오 }}</ref>에 규모 M7 이상의 여진이 일어났다.
 
{{본문|도호쿠 지방 태평양 해역 지진의 전진, 본진, 여진 목록#여진 발생 확률}}