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진압군과 경찰은 [[여수]], [[순천시 (전라남도)|순천]] 등 [[전라남도]] 동부 지역에서 민간인들을 대상으로 대대적인 반란군 협조자 색출 작업을 벌였고, 이 과정에서 2,500여 명의 민간인이 억울하게 살해당했다.
이승만 정부는 이 사건을 계기로 강력한 반공체제를 구축하였다. 군 내부적으로는 공산주의자들을 숙청하는 '숙군작업'을 벌이는 한편, [[1948년]] [[12월 1일]]에는 [[국가보안법]]을 제정하여 사회 전반에 걸쳐 좌익세력에 대한 대대적인 색출·처벌에 나섰다.<ref>{{뉴스 인용 |url=httphttps://articlenews.joinsmsnjoins.com/news/article/article.asp?total_id=4380385 |제목=[그때 오늘] '재일‘재일 조선인'조선인’ 북송사업이 시작되다 |출판사=[[중앙일보]] |저자=박태균 |날짜=2010-08-13 |확인날짜=20102020-1208-18 }}{{깨진 링크|url=http://article.joinsmsn.com/news/article/article.asp?total_id=438038530 }}</ref><ref>[[박정희]]는 이 사건에 직접적으로 가담한 것은 아니었지만, [[남로당]]의 군사총책 간부였다. 당시 소령이었던 박정희는 [[1948년]] 11월에 체포된 후 군사재판에서 [[사형]]이 구형되었으나, 자기가 가지고 있던 군부 내 남로당원 명단을 넘기는 등 수사에 적극 협조한 사정이 참작되어 [[무기징역]]을 선고받았다. [[1949년]] 1월 18일 박정희는 군사재판 2심(고등군법회의)에서 "징역 10년으로 감형하고, 형의 집행을 정지한다"는 판결을 받고 풀려나 강제 예편을 당했다.</ref>
여순사건 이후 서수(序數) '4'는 대한민국 국군의 독립 부대명에 들어가지 않게 되었다. 14연대는 없어졌고, 4연대는 20연대로 재편되었다.
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