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1877년에 [[독일]]의 생리학자 [[빌헬름 퀴네]]는 이러한 과정을 설명하기 위해 [[그리스어]] "ἔνζυμον" ([[독일어]]로 "leavened"라는 의미로 [[영어]]로 "in yeast" 라는 뜻)에서 유래한 "효소(enzyme)"라는 용어를 만들었다.<ref>Kühne coined the word "enzyme" in: {{저널 인용| vauthors = Kühne W | year = 1877 | url = https://books.google.com/?id=jzdMAAAAYAAJ&pg=PA190 | language = German | title = Über das Verhalten verschiedener organisirter und sog. ungeformter Fermente | trans-title = On the behavior of various organized and so-called unformed ferments | journal = Verhandlungen des Naturhistorisch-medicinischen Vereins zu Heidelberg | series = new series | volume = 1 | issue = 3 | pages = 190–193 }} Relevant passage on page 190: ''"Um Missverständnissen vorzubeugen und lästige Umschreibungen zu vermeiden schlägt Vortragender vor, die ungeformten oder nicht organisirten Fermente, deren Wirkung ohne Anwesenheit von Organismen und ausserhalb derselben erfolgen kann, als ''Enzyme'' zu bezeichnen."'' (Translation: In order to obviate misunderstandings and avoid cumbersome periphrases, [the author, a university lecturer] suggests designating as "enzymes" the unformed or not organized ferments, whose action can occur without the presence of organisms and outside of the same.)</ref> 한자 번역어인 효소(酵素)는 "효모(酵母, yeast)에 들어있는 어떤 요소(要素)"라는 뜻이다. 효소라는 단어는 나중에 [[펩신]]과 같은 살아있지 않는 것들을 지칭하는데 사용되었으며, 발효소(ferment)는 생명체에 의해 생성된 화학적 활성을 지칭하는데 사용되었다.<ref>{{서적 인용| editor1-first = John L. | editor1-last = Heilbron | title = The Oxford Companion to the History of Modern Science | first1 = Frederic Lawrence | last1 = Holmes | chapter = Enzymes | page = 270 | chapterurl = https://books.google.com/books?id=abqjP-_KfzkC&pg=PA270&dq=history+of+enzymes+ferment+living+organisms | publisher = Oxford University Press | location = Oxford | year = 2003 | name-list-format = vanc }}</ref>
 
1897년에 [[에두아르트 부흐너]]는 효모 추출물의 연구에 대한 그의 첫 번째 논문을 제출했다. [[베를린 훔볼트 대학교]]에서 행해진 일련의 실험에서 부흐너는 혼합물에 살아있는 효모 세포가 없을 때에도 "효모 추출물에 의해" 당이 발효된다는 것을 발견했다.<ref name="urlEduard Buchner - Biographical">{{웹 인용| url = http://nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1907/buchner-bio.html | title = Eduard Buchner | work = Nobel Laureate Biography | publisher = Nobelprize.org | accessdate = 23 February 2015 }}</ref> 부흐너는 설탕([[수크로스]])을 발효시키는 효소를 "치메이스(zymase)"라고 이름지었다.<ref name="urlEduard Buchner - Nobel Lecture: Cell-Free Fermentation">{{웹 인용| url = http://nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1907/buchner-lecture.html | title = Eduard Buchner – Nobel Lecture: Cell-Free Fermentation | year = 1907 | work = Nobelprize.org | accessdate = 23 February 2015 }}</ref> 부흐너는 "그의 생화학적 연구와 무세포 발효의 발견"에 대한 공로로 1907년에 [[노벨 화학상]]을 수상하였다수상했다. 부흐너의 예를 따라 효소는 일반적으로 그 효소가 수행하는 반응에 따라 명명된다. 보통 접미사 "-ase"는 [[반응물|기질]]의 이름 뒤에 붙이거나(예: [[락테이스]]는 [[락토스]](젖당) 분해효소이다), 반응의 유형(예: [[DNA 중합효소]]는 DNA 중합체를 형성한다)에 따른다.<ref>The naming of enzymes by adding the suffix "-ase" to the substrate on which the enzyme acts, has been traced to French scientist Émile Duclaux (1840–1904), who intended to honor the discoverers of diastase – the first enzyme to be isolated – by introducing this practice in his book {{서적 인용| author = Duclaux E | title = Traité de microbiologie: Diastases, toxines et venins | language = French | trans-title = Microbiology Treatise: diastases, toxins and venoms | year = 1899 | publisher = Masson and Co | location = Paris, France | url = https://books.google.com/books?id=Kp9EAAAAQAAJ&printsec=frontcover }} See Chapter 1, especially page 9.</ref>
 
효소의 생화학적 정체는 1900년대 초에 이르기까지 여전히 알려지지 않았다. 많은 과학자들은 효소의 활성이 단백질과 관련되어 있다고 지적했지만 몇몇 과학자들은(노벨 화학상 수상자인 [[리하르트 빌슈테터]] 같은) 단백질이 효소의 운반체일 뿐이며, 단백질 자체는 촉매 작용을 할 수 없다고 주장했다.<ref name = "Willstätter_1927">{{저널 인용| vauthors = Willstätter R | title = Faraday lecture. Problems and methods in enzyme research | journal = Journal of the Chemical Society (Resumed) | date = 1927 | pages = 1359–1381 | doi = 10.1039/JR9270001359 }} quoted in {{저널 인용 | vauthors = Blow D | title = So do we understand how enzymes work? | journal = Structure | volume = 8 | issue = 4 | pages = R77–R81 | date = April 2000 | pmid = 10801479 | doi = 10.1016/S0969-2126(00)00125-8 | url = http://cmgm3.stanford.edu/biochem/sb241/Herschlag_lectures/papers/Blow.pdf | 확인날짜 = 2019-09-19 | 보존url = https://web.archive.org/web/20160304090045/http://cmgm3.stanford.edu/biochem/sb241/Herschlag_lectures/papers/Blow.pdf | 보존날짜 = 2016-03-04 | url-status = dead }}</ref> 그러나 1926년에 [[제임스 B. 섬너]]는 [[유레이스]](요소가수분해효소)가 순수 단백질이며 결정화할 수 있음을 밝혀냈고, 1937년에 [[카탈레이스]]도 마찬가지임을 보여주었다. 순수 단백질이 효소일 수 있다는 결론은 소화 효소인 [[펩신]], [[트립신]], [[키모트립신]]을 연구한 [[존 하워드 노스럽]], [[웬들 메러디스 스탠리]]에 의해 결정적으로 증명되었다. 제임스 B. 섬너, 존 하워드 노스럽, 웬들 메러디스 스탠리는 1946년에 노벨 화학상을 공동수상했다공동 수상했다.<ref name="urlThe Nobel Prize in Chemistry 1946">{{웹 인용| url = http://nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1946/ | title = Nobel Prizes and Laureates: The Nobel Prize in Chemistry 1946 | work = Nobelprize.org | accessdate = 23 February 2015 }}</ref>
 
효소가 결정화될 수 있다는 발견으로 과학자들은 마침내 [[X선 결정학]]으로 효소의 구조를 밝혀낼 수 있게 되었다. 이러한 시도는 [[눈물]], [[침]], [[달걀 흰자]]에서 발견되며 일부 세균의 외막을 분해하는 효소인 [[라이소자임]]에 대해 처음으로 수행되었으며, 라이소자임의 구조는 [[데이비드 칠턴 필립스]]가 이끈 연구진에 의해 밝혀졌고, 1965년에 발표되었다.<ref>{{저널 인용| vauthors = Blake CC, Koenig DF, Mair GA, North AC, Phillips DC, Sarma VR | title = Structure of hen egg-white lysozyme. A three-dimensional Fourier synthesis at 2 Ångström resolution | journal = Nature | volume = 206 | issue = 4986 | pages = 757–61 | date = May 1965 | pmid = 5891407 | doi = 10.1038/206757a0 | bibcode = 1965Natur.206..757B }}</ref> 이렇게 밝혀진 라이소자임의 고해상도 구조는 [[구조생물학]]의 시작과 효소가 원자 수준에서 어떻게 작동하는지 이해하려는 노력의 성과를 보여준다.<ref name="pmid10390620">{{저널 인용| vauthors = Johnson LN, Petsko GA | title = David Phillips and the origin of structural enzymology | journal = Trends Biochem. Sci. | volume = 24 | issue = 7 | pages = 287–9 | year = 1999 | pmid = 10390620 | doi = 10.1016/S0968-0004(99)01423-1 }}</ref>