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그 후 2005년 11월 12일 김선종은 당일 새벽에 권대기로부터 MBC PD수첩팀에 줄기세포와 체세포 시료를 모두 주었다는 말과 함께 박을순의 난자제공사실을 알게 된 새튼이 황우석과 결별하겠다고 말했다는 소식을 접하게 되자 심한 정신적 압박을 받아 극도로 불안한 상태에서 낮에 한국에서 가져간 신경안정제와 미국에서 구입해 복용하던 수면보조제 6~7정 가량을 복용하였다가 다시 당일 밤 23:00경 신경안정제와 수면보조제 15정 가량을 복용한 후, 잠을 자다가 다음 날 새벽 02:00 ~03:00경 의식을 잃고 피츠버그대학병원 응급실에 실려갔으나 나중에 의식을 다시 회복했다. [http://news.empas.com/show.tsp/cp_do/20060512n06559/?kw=%7B%B1%E8%BC%B1%C1%BE+%C0%DA%BB%EC%7D+%7B%B1%E8%BC%B1%C1%BE+%C0%DA%BB%EC%7D+%7B%B1%E8%BC%B1%C1%BE+%C0%DA%BB%EC%7D+%7B%7D] ( 이것에 대한 자살 시도 여부는 밝혀지지않음 )
 
PD수첩에서 보내진 체세포 및 줄기세포 DNA검사결과 미즈메디의 수정란 줄기세포로 나왔고, 노성일은 황우석 박사에게 환자맞춤형 줄기세포가 없다고 폭로했다.
2006년 1월 검찰수사가 개시되어 한국에 귀국하였으며, 수사과정에서 DNA 시료조작 시인과 'Defense 라는 메일을 윤현수, 문신용' 등과 교환한 사실, 다양한 증거를 인멸하려한 사실들이 새롭게 밝혀졌다.
 
2006년 12월 22일 황우석박사는 '위계에 의한 업무방해와 줄기세포 바꿔치기 혐의'로 김선종 외 성명불상인을 고발하였다.
2006년 5월 12일 검찰은 김선종을 '섞어심기'에 의한 업무방해와 증거인멸교사의 단독범행으로 법원에 불구속 기소하였고 현재 재판 진행중이다.
 
2006년 1월 검찰수사가 개시되어 한국에 귀국하였으며, 수사과정에서 DNADNA검사용 시료조작시료의 시인과조작시인과 'Defense 라는 메일을 윤현수, 문신용' 등과 교환한 사실, 다양한 증거를 인멸하려한 사실들이 새롭게 밝혀졌다.
 
2006년 5월 12일 검찰은 김선종을 황박사팀의 체세포복제배아줄기세포에 미즈메디수정란줄기세포를 '섞어심기'하여 의한조작한 업무방해와 증거인멸교사의 단독범행으로 법원에 불구속 기소하였고 현재 재판 진행중이다.
 
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