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헤켈은 [[예나 대학]]의 [[:de:Carl Gegenbauer|카를 게겐바우어]] 밑에서 동물학을 수학하였고 이후 [[1862년]]부터 [[1909년]]까지 47년간 [[예나 대학]]의 [[비교해부학]] 교수로 재직하였다. 헤켈은 [[1859년]]부터 [[1866년]]까지 [[방사충]], [[해면]], [[환형동물]]과 같은 [[무척추동물]]을 연구하였다. 그는 [[1859년]]부터 [[1887년]]까지 지중해를 여행하면서 발견한 150여 종의 방사충을 비롯하여 천여종을 새로 발견하여 명명하였다. [[1866년]]부터 [[1867]]년까지 헤켈은 카나리제도에 대한 연구를 심화시켰고 이때 [[찰스 다윈]], [[토마스 헉슬리]], [[찰스 라이엘]]을 만났다.
 
[[1871년]] 아그네스 후쉬케와 결혼하여 [[1868년]] 아들 발터가, [[1871년]] 장녀 엘리자베스, [[1873년]] 차녀 엠마가 태어났다. 그후그 후 그는 [[노르웨이]], [[달마티아]], [[이집트]], [[터키]], [[그리스]] 등지로 연구 여행을 다녔다. [[1910년]] 교수직에서 은퇴한 그는 [[1915년]] 아내가 세상을 떠난후 쇠약해졌으며 [[1919년]] [[8월 9일]] 그의 자택에서 사망하였다.
 
 

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