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| 항공사 | 영어명 | ICAO | IATA | 콜사인 | 항공동맹 | 운항개시 | 비고 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 일본항공 | Japan Airlines | JAL | JL | JAPAN AIR | 원월드 | 1950 | |
| 류큐 에어 커뮤터 | Ryukyu Air Commuter | RAC | 1985 | 일본항공의 자회사 | |||
| 일본 트랜스오션 항공 | Japan Transocean Air | JTA | NU | JAI OCEAN | 원월드 | 1967 | 일본항공의 자회사 |
| 일본 에어 커뮤터 | Japan Air Commuter | JAC | 3X | COMMUTER | 1983 | 일본항공의 자회사 | |
| J-에어 | J-Air | XM | 원월드 | 2005 | 일본항공의 자회사 | ||
| JAL 웨이즈 | JALways | JAZ | JO | JALWAYS | 원월드 | 1990 | 일본항공의 자회사 |
| JAL 익스프레스 | JAL Express | JEX | JC | JANEX | 원월드 | 1998 | 일본항공의 자회사 |
| 홋카이도 에어 시스템 | Hokkaido Air System | NTH | - | NORTH AIR | 1997 | 일본항공의 자회사 | |
| 전일본공수 | All Nippon Airways | ANA | NH | ALL NIPPON | 스타 얼라이언스 | 1952 | |
| 에어 넥스트 | Air Next | NXA | 7A | BLUE-DOLPHIN | 2004 | 전일본공수의 자회사 | |
| 에어닛폰 | Air Nippon | ANK | EL | ANK AIR | 1974 | 전일본공수의 자회사 | |
| 에어닛폰네트워크 | Air Nippon Network | AKX | EH | ALFA WING | 2002 | 전일본공수의 자회사 | |
| 에어 센트레얼 | Air Central | CRF | NV | AIR CENTRAL | 1988 | 전일본공수의 자회사 | |
| 에어재팬 | Air Japan | AJX | NQ | AIR JAPAN | 1990 | 전일본공수의 자회사 | |
| 스카이마크 항공 | Skymark Airlines | SKY | BC | SKYMARK | 1996 | ||
| AIRDO | Hokkaido International Airlines | ADO | HD | AIR DO | 1998 | ||
| 솔라시드 항공 | Skynet Asia Airways | SNJ | 6J | NEWSKY | 2002 | ||
| 스타플라이어 | StarFlyer | SFJ | 7G | STARFLYER | 2002 | ||
| 오리엔털 에어 브릿지 | Oriental Air Bridge | NGK | - | ORIENTAL BRIDGE | 1961 | ||
| 아마쿠사 항공 | Amakusa Airlines | AHX | AMAKUSA AIR | 2000 | |||
| 아이벡스 항공 | Ibex Airlines | IBX | FW | IBEX | 1999 | ||
| 후지드림 항공 | Fuji Dream Airlines | FDA | - | - | |||
| 신츄오 항공 | New Central Airlines | - | - | - | 1999 | ||
| 동방항공 | |||||||
| 일본화물항공 | Nippon Cargo Airlines | NCA | KZ | NIPPON CARGO | 1978 | 화물항공 | |
| ANA&JP 익스프레스 | ANA & JP Express | AJV | 9N | AYJAY CARGO | 2006 | 화물항공 | |
| 갤럭시 항공 | Galaxy Airlines | GXY | J7 | GALAX | 화물항공, 운항사업 중단 | ||
| 에어트란세 | Airtransse] | TSQ | - | AIRTRA | 1997 | 운항사업 중단 |