디비전은 샬럿 밥캐츠가 추가되면서 리그가 29개 팀에서 30개 팀으로 확장된 2004~2005 시즌 초에 만들어졌다. 리그는 각 컨퍼런스에서 3개의 디비전으로 재정비되었다. 사우스이스트 디비전은 애틀랜타 호크스, 샬럿 밥캐츠, 마이애미 히트, 올랜도 매직, 워싱턴 위저즈등 5팀이 창단 멤버로 시작되었다. 애틀랜타 호크스는 샌트럴 디비전에서, 마이애미 히트, 올랜도 매직, 워싱턴 위저즈는 애틀랜틱 디비전에서 합류했다. 샬럿 밥캐츠는 2014~2015 시즌과 함께 호니츠로 이름을 변경했으며 그 후 1988년부터 2002년까지 원래 호니츠의 역사를 가정했다. 호니츠라는 이름은 이전에 2002년부터 2013년까지 현재 뉴올리언스 펠리컨스에 의해 사용되었다.
마이애미 히트가 12번으로 가장 많은 사우스이스트 디비전 우승을 차지한 반면 올랜도 매직은 5번, 애틀랜타 호크스는 2번, 워싱턴 위저즈는 1번을 차지했다. 마이애미 히트는 2011년부터 2014년까지 4시즌 연속 사우스이스트 디비전 우승을 차지하며 현재까지 기록을 세웠다. 마이애미 히트의 세 번의 우승(2006년, 2012년, 2013년)은 각각 사우스이스트 디비전 우승 이후에 이루어졌다. 2004년부터 2014년까지 플로리다의 두 주에 기반을 둔 프랜차이즈인 마이애미 히트와 올랜도 매직는 2015시즌 애틀랜타 호크스가 60승으로 우승한 후 마침내 깨진 10연패를 달성했다. 2010년과 2014년 두 차례에 걸쳐 디비전 5개 팀 중 4개 팀이 그 2년간 포스트시즌 플레이오프 8개 팀 중 절반을 차지했다. 2023~2024 시즌 디비전 챔피언은 올랜도 매직이다.