세포소기관(細胞小器官)은, 세포생물학에서, 특수한 기능을 지닌 각각의 세포 구조를 의미하며, 진핵세포의 세포질 가운데 떠 있는 구조이다. 세포소기관은 현미경 및 세포 분류에 의해 구분된다.
일부 대형의 세포소기관은 세균이 다른 세포에 공생한 것으로부터 유래했을지 모른다는 내부공생설이 있다. 이는 아래와 같은 세포소기관은 세포의 DNA와는 다른 자신만의 DNA를 지니고 있기 때문이다.
그밖에 세포소기관은 다음과 같다.
기타 연관성 있는 구조는 다음과 같다.
