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‘코드’가 마침맞았다. <ref name="cheon"></ref>
2005년 서울대 의대에 이어 연세대 의대 교수협의회도 의학전문대학원 전환에 반대하고 나섰다.<ref name="cheongae">[http://news.donga.com/3/all/20050520/8191241/1 反…反… 의학전문대학원 덜컹덜컹]동아일보, 2005년 05월5월 20일</ref>여기에 그동안 유보적이던 다른 주요 대학의 의대들도 부정적으로 돌아서 의학전문대학원 제도 자체가 교육부가 의학전문대학원 전환과 BK21 사업을 연계할 방침을 밝힌 만큼 대학들은 ‘계속 반대’냐 ‘연구비’냐를 선택해야 할 처지다. 연세대 의대 교수협의회는 “의대 교수 408명을 대상으로 투표한 결과 65%가 전문대학원에 반대해 전환하지 않기로 했다”고 2005년 5월 19일에 밝혔다.<ref name="cheongae"></ref> 연세대의 한 관계자는 “대학본부는 도입이 옳다고 보지만 의대 교수들의 반대가 강해 난감하다”고 말했다. <ref name="cheongae"></ref>대학들이 복잡한 내부 사정이 있지만 의학전문대학원으로 전환하여 2005년 기준 경희대 가천의대 건국대 등 10개 의대와 서울대 경북대 등 6개 치의대가 전문대학원으로 전환한 상태다.<ref name="cheongae"></ref>
2009년 전국 41개 의대 중 27개 대학이 의전원 체제를 도입했다. 그러나 이 중 절반인 13개 의대는 학부와 대학원 체제를 각 50%씩 섞어 운영하고 있다.
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