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동정편모충류의 하위 분류는 아래와 같다.<ref>{{웹 인용|url=http://www.marinespecies.org/aphia.php?p=taxdetails&id=580116 |제목=Choanoflagellatea |확인일자=2014년 4월 19일}}</ref>
* 아칸토이카목 (Acanthoecida)
** Acanthoecaceae
** [[아칸토이카과]] (Acanthoecidae) Norris, 1965
** Stephanoecidae
* Craspedida
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