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=== 제2차 세계대전과 일본의 지배 ===

{{참조|일본령 보르네오}}

제2차 세계대전 중이던 1942년 1월 1일 [[일본]]이 라부안을 점령했고, 그 뒤 북보르네오의 타 지역들을 침공했다. 1942년부터 1945년까지 일본은 북보르네오와 그 일대의 섬의 대부분을 지배했다. 연합군의 포격으로 산다칸을 포함한 많은 지역들을 파괴했으며, 특히 산다칸은 땅 자체가 심하게 파괴되었다. [[1946년]] 영국의 직할식민지가 되었다. 한때 산다칸에서는 일본이 북보르네오에서 온 영국인과 호주인의 포로들을 자신들이 운영한 잔악한 포로 수용소에 수용한 적이 있었다. 수감자들은 악명 높은 비인간적 환경 속에서 고통을 겪었으며, 연합군의 포격이 일어나자 일본은 자신들의 포로 수용소를 라나우 내륙으로부터 260㎞ 떨어진 곳으로 옮겼다. 2,504명의 수감자들이 줄어든 후, 모든 수감자들이 악명 높은 "산다칸의 죽음의 행진"을 강요당했다. 6명의 호주인 수감자를 제외한 전원이 숨졌다. 전쟁은 1945년 9월 10일 끝났다. 일본의 항복 이후 북보르네오는 영국 군령이 되었고, 1946년 영국의 직할 식민지가 되었다. 제셀턴(현 코타키나발루)이 산다칸을 대신할 새 수도가 되었으며, 영국의 지배는 1963년까지 계속되었다.