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1986년 서울대학교 의과대학을 졸업했고, 이후 서울대학교 대학원 의학과 생리학 교실에서 기초의학을 전공했다. 1988년 《동방 결절 내에서의 흥분 전도에 미치는 Adrenaline, Acetylcholine, Ca++ 및 K+의 영향》이라는 [[논문]]으로 [[석사]] 학위를,<ref>[http://academic.naver.com/view.nhn?doc_id=8915119&dir_id=0&field=0&sort=0&query=%EB%8F%99%EB%B0%A9%20%EA%B2%B0%EC%A0%88%20%EB%82%B4%EC%97%90%EC%84%9C%EC%9D%98%20%ED%9D%A5%EB%B6%84%20%EC%A0%84%EB%8F%84%EC%97%90%20%EB%AF%B8%EC%B9%98%EB%8A%94&page=1 동방결절내에서의 흥분 전도에 미치는 Adrenaline,Acetylcholine,Ca++및 K+의 영향] 서울대학교 1988년</ref> 1991년 《토끼 단일 심방근 세포에서 Bay K 8644와 Acetylcholine에 의한 Ca2+ 전류의 조절기전》이라는 논문으로 동 대학원에서 [[박사]] 학위를 취득하였다.<ref>[http://academic.naver.com/view.nhn?doc_id=11594888&dir_id=0&field=0&sort=0&query=%EC%95%88%EC%B2%A0%EC%88%98%20%EC%84%9C%EC%9A%B8%EB%8C%80%ED%95%99%EA%B5%90%20%ED%86%A0%EB%81%BC%20%EB%8B%A8%EC%9D%BC%20%EC%8B%AC%EB%B0%A9%EA%B7%BC&page=1 토끼 단일 심방근세포에서 Bay K 8644와 Acetylcholine에 의한 Ca²^+^전류의 조절기전] 서울대학교 1991년</ref>
 
의대 대학원에서 [[심장]] [[부정맥]]을 연구하는 ‘심장 전기 생리학’ 박사과정을 밟고 있을 때 처음으로 컴퓨터 바이러스를 발견했다.<ref>[http://autotimes.hankyung.com/article_view.php?id=52950 안철수, '무릎팍도사' 시청률 상승 견인] 오토타임즈 2011년 7월</ref> 그가 컴퓨터를 공부한 이유는 의사로서 전공 실험을 더 잘하고 특기를 쌓기 위해서였다. 그러던 중 컴퓨터 잡지에서 [[컴퓨터 바이러스]]가 한국에 나왔다는 기사를 보고 자신의 컴퓨터와 50장 가량의 디스켓을 검사해보니 3장의 디스켓이 바이러스에 감염되어 있었다.<ref name="asiatoday.co.kr">[http://www.asiatoday.co.kr/news/view.asp?seq=258456 무릎팍도사′ 출연 안철수, ″한국의 빌게이츠(?)...너무 과분해″] 아시아투데이 2011년 7월</ref> 프로그램의 세부 데이터를 확인할 수 있는 프로그램을 통해 확인해보니 프로그램에 누군가 [[브레인 (컴퓨터 바이러스)|(c)Brain]]이라고 써놓은 것이었다.<ref name="안철수 한국의 빌 게이츠? 불편한 비유다">[http://news.naver.com/main/read.nhn?mode=LSD&mid=sec&sid1=106&oid=108&aid=0001987383 안철수 "한국의 빌 게이츠? 불편한 비유다"] 스타뉴스 2011년 7월</ref> 그 바이러스는 최초로 [[파키스탄]]에서 나온 것이었다.<ref>[http://www.etoday.co.kr/news/section/newsview.php?TM=news&SM=0701&idxno=235710 무릎팍' 출연 안철수 "자신에게 '기회'를 주는것이 가장 큰 선물] 2011년 7월</ref> 어떤 형제 둘이 컴퓨터 가게를 차려 자기들이 만든 프로그램을 팔아 가게를 운영하려 했는데 하나만 팔아도 불법 복제가 되어 가게가 망하자 이 형제들이 화가 나 불법 복제를 한 사람들에게 복수를 하기 위해 바이러스를 만든 것이었다. 이것이 바이러스의 시작이었다. 이 바이러스의 원본에는 만든 사람의 이름, 주소, 집전화까지 모두 표시되어 있었으나 국내에 유입된 바이러스에는 그 부분이 누군가에 의해 지워져 있었다.<ref>[http://artsnews.mk.co.kr/news/29853 안철수, [[V3]] 만든 계기 공개!!] 아츠뉴스 2011년 7월</ref> 이 바이러스는 한국까지 오는데 3년이 걸렸다. 그 당시엔 인터넷도 없었기 때문에 손에서 손으로 파키스탄에서 [[미국]]을 거쳐 한국으로 들어온 것으로 추정된다. 이 바이러스 때문에 디스켓이 파괴되는 일이 많았으나 당시 사람들은 바이러스에 대한 개념조차 없었기 때문에 누구도 원인을 알지 못했다. 그래서 “전철을 타면 디스켓이 깨진다”깨진다.”, “바이러스가 사람에게 옮긴다”는옮긴다.”는 등의 괴소문이 퍼지기도 했다.<ref name="안철수 한국의 빌 게이츠? 불편한 비유다."/>
 
안철수는 전공실험을 위해 열심히 배워두었던 컴퓨터 언어 공부를 막 끝낸 참이어서 절묘한 시기에 바이러스를 만난 것이었다. 그러던 중 후배가 안철수에게 찾아와 바이러스를 치료할 방법을 묻자 안철수는 바이러스를 치료할 수 있는 방법을 알려주었으나 후배가 이해하지 못하자 본인 자신이 직접 백신 프로그램을 만들게 되는데 밤을 세워 분석한 끝에 1988년 6월 10일 바이러스가 감염된 과정을 반대로 하면 치료할 수 있겠다 생각하여 ‘백신’(Vaccine)이란 이름의 [[바이러스 검사 소프트웨어|앤티바이러스 프로그램]]을 만들어 치료에 성공했다. 이것이 [[V3]] 최초 버전인 V1이다.<ref>[http://www.newsen.com/news_view.php?uid=200906180048251001 안철수 “백신개발 심취, 가족에 軍입대도 말 못했다.] 뉴스엔 2011년 7월</ref>
 
처음으로 문서화된 컴퓨터 바이러스 제거 프로그램은 1987년에 발표된 번트 픽스(Bernd Fix)인 것으로 알려져 있으나<ref>[http://www.viruslist.com/en/viruses/encyclopedia?chapter=153311150 Kaspersky Lab Virus List]</ref><ref>[http://www.research.ibm.com/antivirus/timeline.htm Wells, Joe (1996-08-30). "Virus timeline". IBM.]</ref><ref>[[바이러스 검사 소프트웨어]] 참고.</ref>, 안철수는 “세계 최초 컴퓨터 바이러스 백신인 V1을 만들게 되었다”고 밝혔고<ref>[http://news.naver.com/main/read.nhn?mode=LSD&mid=sec&sid1=001&oid=087&aid=0000210075 백신의 아버지 안철수, 국민들에게 감동 선사] 강원일보 2011년 7월</ref> “미국의 백신 대기업들도 V1보다 1년 늦게 만든 것들이었다”라고것들이었다.”라고 말했다. 바이러스 치료가 된다는 소식을 들은 많은 사람들은 안철수에게 도움을 요청해오기도 했다. 그 뒤로 바이러스가 나올 때마다 혼자서 만든 백신을 무료로 배포했다. 이후 당시 악명을 떨친 LBC, 예루살렘 바이러스 등을 치료하는 기능이 추가된 ‘V2’, ‘V2Plus’ 등을 차례로 발표하면서 지속적으로 업데이트를 하였다. 특히, V2Plus 는 모기업이 디스켓으로 제작하여 무상으로 컴퓨터상가 등지에 대량 배포됐고 당시 상인들로부터 많은 인기를 누렸다.
 
그렇게 낮에는 의사, 밤에는 백신 제작자로 7년간 이중 생활을 했으며<ref name="무릎팍' 출연 안철수 교수에 시청자 호평…보석같은 분">[http://news.naver.com/main/read.nhn?mode=LSD&mid=sec&sid1=106&oid=117&aid=0002025304 무릎팍' 출연 안철수 교수에 시청자 호평…"보석같은 분"] 마이데일리 2011년 7월</ref> “다른 사람들에게 받은 만큼 나도 역할을 해야겠다는 생각을 가졌다”고 회고했다. 하지만 의사 생활과 백신 제작을 모두 하기엔 시간이 부족했다. 그래서 매일 새벽 3시에 일어나 6시까지 백신 제작을 하고, 의대에 가서는 박사 과정으로 생활했다.<ref>[http://www.gooddaysports.co.kr/news/?cset=star&bset=view&tot_code=49&code=7500 굿데이스포츠] 2011년 7월</ref> 당시 한국에는 안철수를 제외하고 바이러스 백신을 만들 사람이 한 명도 없었는데 돈벌이가 되지 않았기 때문이었다.
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