DNA의 뼈대에서 [[디옥시리보오스디옥시리보스]]에 [[인산]]기가 연결된 방향을 5' 방향이라고 부르고 그 반대에 [[하이드록시기]]가 붙어있는 방향을 3' 방향이라고 부른다. 이 방향성은 DNA에 작용하는 [[효소]]에게 DNA의 방향을 가르쳐 주는 매우 중요한 요소이다. DNA 이중나선을 이루는 두 가닥의 DNA는 서로 반대 방향(Anti-parallel)으로 구성되어 있다. 즉, DNA 이중 나선을 그림 2.에서 처럼 세워 놓았을 때, 이중나선의 한 가닥이 위에서 아래 방향이 5'→3' 방향이라면, 나머지 한 가닥은 반대 방향인 아래에서 위 방향이 5'→3' 방향이다.
