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난초과 분류는 매우 유동적이며, 새로운 연구가 계속되고 있다. 2009년의 APG III 분류 체계는 난초과를 현재, [[아스파라거스목]]으로 분류하고 있다. 5개의 아과를 인정하고 있다. [[APG 분류 체계]]에 의한 분지도는 아래와 같다.
 
{{분기군분지군|style=font-size:85%
|분류1=[[난초과]]
|1={{분기군분지군|1=[[야쿠시마난아과]]: 2개 속, 16종 - [[서남아시아]]
|2={{분기군분지군|1=[[복주머니난아과]]: 5개 속, 130종 - 전 세계 온대 지역, 그리고 열대 [[아메리카]] 및 열대 아시아
|분류2= Monandrae 
|2={{분기군분지군|1=[[바닐라아과]]: 15개 속, 180종 - 습윤 열대 및 아열대 지역, [[북아메리카]] 동부
|2={{분기군분지군|1=[[석곡아과]]: 500여 속 이상, 최소 20,000여 종 또는 그 이상 - 전 세계적 분포
|2=[[난초아과]]: 208개 속, 3,630종 - 전 세계적 분포
}}}}}}}}}}
{{Taxonbar}}
{{Authority control}}
 
[[분류:난초과| ]]