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* 2015. 07. 25개 연구단 운영 중
* 2017. 04. 현재 28개 연구단 운영 중
== 조직 ==
* 감사
** 감사부
=== 이사회 ===
==== 기초과학연구원장 ====
* 과학자문위원회
* 연구단선정·평가위원회
* 부설국가수리과학연구소
* 시설건설센터
* 라온활용협력센터
* 안전시설팀
* 건설기획팀
* 전산지원팀
* 본원이전팀
===== 중이온가속기건설구축사업단 =====
* 사업조정실
* 장치구축사업부
* 시설건설사업부
* 사업지원부
===== 본원연구단 =====
* 인지 및 사회성 연구단
* 지하실험 연구단
* 순수물리이론 연구단
* 유전체 교정 연구단
* 복잡계 이론물리 연구단
===== 캠퍼스연구단 =====
* 시냅스 뇌질환 연구단
* 나노물질 및 화학반응 연구단
* 면역 미생물 공생 연구단
* 복잡계 자기조립 연구단
* 기하학 수리물리 연구단
* 분자활성 촉매반응 연구단
* 식물 노화·수명 연구단
* 초강력 레이저과학 연구단
* 원자제어 저차원 전자계 연구단
* 엑시온 및 극한상호작용 연구단
* 다차원 탄소재료 연구단
* 첨단연성물질 연구단
* 유전체 항상성 연구단
* 혈관 연구단
===== 외부연구단 =====
* RNA 연구단
* 강상관계 물질 연구단
* 나노입자 연구단
* 나노구조물리 연구단
* 뇌과학이미징 연구단
* 분자 분광학 및 동력학 연구단
* 나노의학 연구단
* 기후물리 연구단
* 양자나노과학 연구단
===== 연구지원본부 =====
* 연구기획팀
* 연구관리팀
* 연구평가팀
* 연구인프라팀
===== 정책기획본부 =====
* 경영기획팀
* 예산운영팀
* 커뮤니케이션팀
* 글로벌협력팀
* 이노베이션팀
===== 경영지원본부 =====
* 인재경영팀
* 총무복지팀
* 재무회계팀
* 구매자산팀
* 품질관리팀
== 연구단 ==
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