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현생 양서류 (개구리, 도롱뇽, 그리고 무족영원류) 는 [[진양서류]]로 분류된다. 진양서류는 페름기에 처음 나타난 것으로 보인다. [[분자 시계]]의 추정에 의하면 첫 진양서류는 석탄기 후기에 나타났으나 같은 기법을 이용하면 바트라키아 (무족영원류를 제외한 개구리와 도롱뇽) 는 페름기 중기에 나타난 것으로 보인다.<ref name=Zetal05>{{저널 인용 |last=Zhang |first=P. |coauthors=Zhou, H.; Chen, Y.-Q.; Liu, L.-F.; and Qu, L.-H. |year=2005 |title=Mitogenomic perspectives on the origin and phylogeny of living amphibians |url=http://naherpetology.org/pdf_files/264.pdf |journal=Systematic Biology |volume=54 |issue=3 |pages=391–400 |doi= 10.1080/1063515059094527 |pmid=16012106 |확인날짜=2014-04-15 |보존url=https://web.archive.org/web/20120315210041/http://naherpetology.org/pdf_files/264.pdf# |보존날짜=2012-03-15 |깨진링크=예 }}</ref><ref name=Setal04>{{저널 인용|last=San Mauro |first=D. |coauthors=Gower, D.J.; Oommen, O.V.; Wilkinson, M.; and Zardoya, R. |year=2004 |title=Phylogeny of caecilian amphibians (Gymnophiona) based on complete mitochondrial genomes and nuclear RAG1 |url=http://www.bmnh.org/PDFs/SM_04_MPE.pdf |journal=Molecular Phylogenetics and Evolution |volume=33 |pages=413–427 |doi=10.1016/j.ympev.2004.05.014 |pmid=15336675 |issue=2}}</ref> 화석증거에 따르면 현생 양서류의 기원에 대해서는 크게 세 가지 이론이 있다. 하나는 양서류가 공추류, 그 중에서도 [[리소로피아류]]에서 진화했다는 것이다.<ref name=LM98>{{저널 인용|이탤릭체=예|last=Laurin |first=M. |year=1998 |title=The importance of global parsimony and historical bias in understanding tetrapod evolution. Part I — systematics, middle ear evolution, and jaw suspension |journal=Annales des Sciences Naturelles, Zoologie, Paris |volume=13e |issue=19 |pages=1–42}}</ref> 또 다른 이론은 양서류가 디소로포이드에 속하는 분추류로부터 진화했다는 것이다. 세번째 이론은 무족영원류는 공추류의 후손이고, 개구리와 도롱뇽은 디소로포이드 분추류에서 진화했다는 이론이다.<ref name=Aetal08>{{저널 인용 |이탤릭체=예 |last=Anderson |first=J.S. |coauthors=Reisz, R.R.; Scott, D.; Fröbisch, N.B.; and Sumida, S.S. |year=2008 |title=A stem batrachian from the Early Permian of Texas and the origin of frogs and salamanders |url=http://www.cnah.org/pdf_files/988.pdf |journal=Nature |volume=453 |pages=515–518 |doi=10.1038/nature06865 |pmid=18497824 |issue=7194 |확인날짜=2011년 7월 26일 |보존url=https://web.archive.org/web/20110726155140/http://www.cnah.org/pdf_files/988.pdf |보존날짜=2011년 7월 26일 |깨진링크=예 }}</ref>