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대학 이외의 공직도 많이 지냈는데 1999년부터 2004년까지 [[일본 문부성|문부성]]에서 고등교육국 과학관을 역임했다.<ref name="shokureki"/> 2004년부터 [[일본 학술진흥회]]에서 학술시스템연구센터 소장을 역임했고 2006년부터는 [[일본 내각부|내각부]] [[종합과학기술회의]] 의원을 맡았다.<ref name="shokureki"/>
2012년부터는 [[시즈오카현립시즈오카 현립 대학]]과 시즈오카 공립 대학 단기 대학부의 설치자인 ‘시즈오카현 공립대학법인’ 이사장을 맡고 있다.<ref>[http://www.u-shizuoka-ken.ac.jp/news_topics/newrijityo/ {{lang|ja|静岡県公立大学法人の理事長予定者が発表されました}}] - [[시즈오카현립 대학]] {{깨진 링크}}</ref><ref>[http://www.u-shizuoka-ken.ac.jp/corporation_info/chairman/ {{lang|ja|理事長あいさつ}}]- [[시즈오카현립시즈오카 현립 대학]] {{웨이백|url=http://www.u-shizuoka-ken.ac.jp/corporation_info/chairman/# |date=20151003053914 }}</ref> 그리고 2017년 5월부터 교토 대학의 고등연구원에서 정규직인 특별교수로 취임하게 됨에 따라<ref name="yomiuri20170428"/><ref name="sankei20170428">[http://www.sankei.com/region/news/170428/rgn1704280019-n1.html {{lang|ja|静岡県公立大学法人の本庶理事長が退任}}] 산케이 디지털(산케이 신문), 2017년 4월 28일</ref> 시즈오카현 공립대학법인 이사장을 겸임하기 어렵다고 판단하여<ref name="sankei20170428"/> 그해 4월 30일 이사장직에서 물러났다.<ref name="yomiuri20170428"/><ref name="sankei20170428"/><ref>[https://mainichi.jp/articles/20170428/ddl/k22/100/068000c/ {{lang|ja|県立大：本庶理事長退任へ 「ノーベル賞候補」免疫療法に道 ／静岡}}] - 마이니치 신문, 2017년 4월 28일</ref><ref name="ats20170428">[http://www.at-s.com/news/article/education/college/353860.html {{lang|ja|本庶氏、理事長退任を発表 静岡県公立大学法人}}] {{웨이백|url=http://www.at-s.com/news/article/education/college/353860.html# |date=20170913122453 }} - [[시즈오카 신문]]·[[시즈오카 방송]], 2017년 4월 28일 {{깨진 링크}}</ref> 또한 이사장 퇴임 후에는 시즈오카현 공립대학법인의 고문을 맡고 있다.<ref>[http://www.u-shizuoka-ken.ac.jp/events/ss30th/ {{lang|ja|10年後の静岡を創るスーパーセミナー}}] - 시즈오카현립 대학</ref> 더 나아가 후지노쿠니 지역의료지원센터 이사장이던 데라오 도시히코의 사망에 따른 2013년 1월 8일에 후임 이사장으로 취임했다.<ref>‘{{lang|ja|ふじのくに地域医療センター 新理事長に本庶氏}}’ - 주니치 신문, 2012년 12월 27일</ref> 후지노쿠니 지역의료지원센터 이사장에 대해서는 교토 대학 고등연구원의 특별교수로 취임한 후에도 계속 재직했다.<ref name="ats20170428"/>
그 외에도 공익재단법인 첨단의료진흥재단에서 부이사장을 지내면서 [[이무라 히로오]]의 후임으로 2015년 7월 1일에 이사장으로 승진했다.
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