2016년 꼬리고사리아목의 계통 분류는 다음과 같다.[1]
한들고사리과
라키도소루스과
디플라지옵시스과
데스모플레비움과
꼬리고사리과
헤미딕티움과
처녀고사리과
우드풀과
야산고비과
새깃아재비과
개고사리과