다음은 1995년 생명의 나무 웹 프로젝트(The Tree of Life Web Project)에서 제안된 모기하목의 계통 분류이다.[1]
Thaumaleidae
먹파리과
등에모기과
깔따구과
별모기과
코레트렐라과
털모기과
모기과