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불완전균류(不完全菌類, fungi imperfecti 또는 imperfect fungi, Deuteromycota)는 자낭균류담자균류의 자매군으로 유성생식 단계가 발견되지 않는, 분류학적 위치가 불확실한 균류 분류군을 가리킨다.

Picto infobox fungus.png
생물 분류 읽는 법불완전균류
Aspergillus.gif
누룩곰팡이속 종의 분생자
생물 분류
역: 진핵생물
계: 균계
  • 본문 참조

무성 생식만을 하는 균류를 불완전형이라 하고, 그 단계를 불완전 세대라 하며, 이 불완전형밖에 발견되지 않는 것을 이 명칭으로 부른다. 유성 생식을 하는 단계를 완전형, 그 단계를 완전 세대라고 부르지만, 통상 완전 세대 균류는 동시에 무성 생식도 한다. 가까이서 볼 수 있는 곰팡이의 대부분은 불완전 세대라 볼 수 있으며, 여기서 불완전균이 포함되는 비율은 높다.