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| [[서울시청 축구단|서울시청]] || 2003 시즌 || 전기 리그까지 참가 후 해체
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| [[상주 상무 축구단|이천 상무]] || 2003 ~ 20052003–2005 시즌 || [[전국실업축구연맹전]]에 참가하던 상무가 [[K리그 클래식|K리그]] 참가 결정 후에도<br/>2군 형식으로 남아 1군과 별개로 경기도 [[이천시|이천]]을 연고지로 하여 참가하였으나, 이후 1군과 통합
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| {{축구단 예산 FC}} || 2003 ~ 20102003–2010 시즌 || 재정난으로 인하여 탈퇴
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| {{축구단 안산 H FC}} || 2003 ~ 20122003–2012 시즌 ||rowspan="3"| 2013시즌부터 프로 전환 후 [[K리그 챌린지]] 참가
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| {{축구단 수원시청}} || 2003 ~ 20122003–2012 시즌
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| {{축구단 충주 험멜 내셔널}} || 2003 ~ 20122003–2012 시즌
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| {{축구단 고양 국민은행}} || 2003 ~ 20122003–2012 시즌 || 해체
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| [[홍천 이두 FC|홍천 이두]] || 2007 ~ 20092007–2009 시즌 || 전기 리그까지 참가하였으나, 재정난으로 인하여 후기 리그부터 퇴출
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| {{축구단 울산 현대미포조선 돌고래}} || 2003 ~ 20162003–2016 시즌||재정난으로 인하여 탈퇴 후 2017시즌부터 [[안산 그리너스 FC]]에 흡수된 후 [[K리그 챌린지]] 참가
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| {{축구단 용인시청}} || 2010 ~ 20162010–2016 시즌 || 해체
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