아메바류는 분류하기 까다롭고, 아메바문 내의 관계는 여전히 혼란스럽다. 단백체 분석에 의하면 아메바류는 다른 분류군과 분리된 이후, 이 계통과 갈라진 동물 및 균류와 자매군 관계를 형성하는 것으로 나타난다.[1]
다음은 아들(Adl et al. 2012)과 부르키(Burki, 2014/2016) 등의 진핵생물 계통 분류이다.[2][3][4]
↑Lax, Gordon; Eglit, Yana; Eme, Laura; Bertrand, Erin M.; Roger, Andrew J.; Simpson, Alastair G. B. (2018년 11월 14일). “Hemimastigophora is a novel supra-kingdom-level lineage of eukaryotes”. 《Nature》 (영어) 564 (7736): 410–414. doi:10.1038/s41586-018-0708-8. ISSN0028-0836.
↑Pánek T, Zadrobílková E, Walker G, Brown MW, Gentekaki E, Hroudová M, 외. (May 2016). “First multigene analysis of Archamoebae (Amoebozoa: Conosa) robustly reveals its phylogeny and shows that Entamoebidae represents a deep lineage of the group”. 《Molecular Phylogenetics and Evolution》 98: 41–51. doi:10.1016/j.ympev.2016.01.011. PMID26826602.