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김영삼 정부	남매간첩단 사건(1993년)† 국제공산주의당 사건(1993년) 혁사노 사건(1993년) 구국전위 사건(1994년) 남파간첩 김동식 사건(1995년) 남한프롤레타리아계급투쟁동맹 사건(1995년) 박창희 교수 간첩 조작 사건(1995년)† 범청학련 사태(1995년) 기세문 사건(1995년) 범민련 사태(1995년) 한총련 사태(1996년) 연세대 사태(1996년) 강릉지역 무장공비 침투사건(1996년) 부경총련 사건(1996년) 대경총련 사건(1996년) 강원총련 사건(1996년) 독일유학생 간첩조작 사건(1996년)† 노동자정치활동센터 사건(1996년) 노동법 정국 총파업(1996년) 김하기 소설가 밀입북 사건(1996년) 불교인권위원회 사건(1996년) 정수일 간첩사건(1996년) 고영복 고정간첩 사건(1997년) 최정남·강연정 부부간첩 사건(1997년) 자주대오 사건(1997년) 송유진 사건(1997년) 홍교선 사건(1997년) 총풍 사건(1997년) 관악노동청년회 사건(1997년)
김대중 정부	속초 잠수정 침투 사건(1998년) 천리마노래단 사건(1998년) 민족통일애국청년회 사건(1998년) 민족민주혁명당 사건(1999년) 반제청년동맹 사건(1999년) 황선 밀입북 사건(1999년) 공동경비구역 JSA 오준수 대령 사건(1999년) 민족과기대 자주대오 사건(1999년) 한총련 덕성여대 사회대학생회장 이적표현물 반포 사건(1999년) 레드헌터 사건(1999년)† 금강산 관광 월북 사건(1999년) 힘찬 우리 역사 제2권 사건(1999년)† 재일 한민통 포섭 간첩사건(1999년) 범민련 범민족대회 사건(1999년) 미래사회문화사 이적표현물 반포 사건(1999년) 범민련 남측본부 대변인 통일대축전 참가 사건(1999년) 민주주의민족통일전국연합 사건(2000년) 한국사회의 이해 집필 관련 북한찬양 사건(2000년)† 주체사상 관련 서적 보관 사건(2000년) 울산대 혁신위 사건(2000년) 중국 여행 밀입북 사건(2000년) 초등학생용 통일교육 교재 북한 찬양 내용 수록 사건(2000년) 민생공안정국(2001년) 서울민주노동자회 사건(2001년) 한국청년단체협의회 사건(2001년) 민중정치연합 사건(2002년) 문규현 통일대축전 무단 방북 사건(2002년) 한총련 사건(2002년)
노무현 정부	진보의련 사건(2003년) 송두율 사건(2003년) 통일연대 사무처 인터넷자료 유출 사건(2003년) 강태운 활동자금 수수 사건(2003년) 두산중공업 노조 파괴 사건(2003년) 탈북자 납치 사건(2004년) 민족통일애국청년회 사건(2004년)† 빨치산 추모제 참석사건(2005년) 종북사상 강의사건(2005년) 강정구 사건(2005년) 중국동포 간첩사건(2005년) 강원대 미군기지 철수 시위 사건(2006년) 직파간첩 정경학 사건(2006년) 일심회 사건(2006년) 윤기하 사건(2006년) 시사저널 파업(2006년) KTX 여승무원 고용 분쟁(2006년) 대추리 사태(2006년) 민주노동당 이적표현물 취득 사건(2007년) 이시우 사건(2007년) 한미 FTA 반대 총궐기 반미집회 가담사건(2007년) 윤기진 사건(2007년)
이명박 정부	원정화 간첩사건(2008년) 김동순 간첩사건(2008년) 황장엽 협박사건(2008년) 통일학교 교재사건(2008년) 국무총리실 민간인 사찰 사건(2008년) PD수첩 제작진 기소 사건(2009년)† 김상곤 경기교육감 직무유기 사건(2009년)† 남북공동선언실천연대 사건(2009년) 새세대청년공산주의자붉은기 사건(2009년) 탈출 예비 음모 사건(2009년) 스파르타커스 사건(2009년) 국내 여론 동향 북한 보고 사건(2009년) 이병진 대학강사 간첩사건(2009년) 쌍용차 사태(2009년) 강기갑 공중부양 사건(2009년) 윤기진 옥중서신 사건(2010년) 진보연대 한충목 사건(2010년) 간디학교 최보경 사건(2010년)† 한상렬 밀입북 사건(2010년) 황장엽 암살미수 사건(2010년) 사이버민족방위사령부 사건(2010년) 우리민족연방제통일추진위원회 사건(2010년) 사회주의노동자연합 사건(2010년)† 인터넷대학원생 중고서점 김명수 사건(2010년)† 흑금성 사건(2010년) 전국교직원노동조합 민주노동당 가입 사건(2010년) G20 포스터 쥐그림 사건(2010년) 한진중공업 사태(2010년, 2011년) 아덴만 여명 작전(2011년) 국가보안법 피해자 모임 사건(2011년) 강영준 사건(2011년) 왕재산 사건(2011년) 사이버민족방위사령부 별관 사건(2011년) 대한항공 조종사 북한 찬양 사건(2011년) 범민련 사건(2011년) 여성작가 신정모라 사건(2011년) 김모 중위 이적표현물 소지 사건(2011년)† 김정일 추모 분향소 사건(2011년) 세계물흙길연맹 사건(2011년) 제주 해군기지 건설 반대 시위(2011년) GPS 간첩 사건(2012년)† 박창숙 사건(2012년) 박정근 사건(2012년)† 노수희 밀입북 사건(2012년) 통일시인 권말숙 사건(2012년) 병무청 공무원 북한 찬양 사건(2012년) 여간첩 이경애 사건(2012년) 통합진보당 부정 경선 사건(2012년) 에스제이엠 용역폭력사태(2012년) 언론노조 파업(2012년)
박근혜 정부	독일 망명자 조영삼 무단방북 사건(2013년) 허영수 사건(2013년)† 이윤섭 사건(2013년)† 서울시 공무원 간첩조작사건(2013년)† NLL 대화록 논란(2013년) 이석기 내란 선동 사건(2013년) 보위사 직파 간첩사건(2013년)† 현대자동차 노조 장기파업 사건(2013년) 2013년 한국철도공사 노조 파업(2013년) 6명 밀입북 사건(2013년) 영화감독 심승보 사건(2013년) 김일성 회고록 감상문 사건(2013년) 대북사업가 정찰총국 연계 간첩 사건(2014년) 불법 게임작업장 운영자 북한 공작원 연계 사건(2014년) 한국방송공사 파업(2014년) 통일시대 진희권 사건(2014년) 소풍 사건(2014년) 새시대교육운동 사건(2014년) 행복한통일이야기 사건(2014년) 중국유학생 추방 사건(2014년) 신은미·황선 종북옹호 사건(2014년) 통합진보당 해산 사건(2014년) 민족21 안영민 사건(2014년) 통합진보당원 이적표현물 반포 사건(2015년) 백운성 사건(2015년) 조총련 지령 수행 택배기사 사건(2015년) 평화와통일을여는사람 김판태 사건(2015년)† 부산청년한의사회 사건(2015년) 자주민보 폐간 사건(2016년) 범민련 김규철 사건(2016년) 코리아연대 사건(2016년) 전국공무원노조 김진홍 이적단체 후원금 납부사건(2016년) 인터넷 카페 이적표현물 게시 사건(2016년) 대구평통사 백창욱 사건(2016년)† 북한 관련 게시물 복사 배포 사건(2016년)† 목자단 김성윤 사건(2016년) 북한 225국 연계 활동 사건(2016년) 북한 정찰총국 연계 활동 사건(2016년) 탈북 여성 재입북 시도 사건(2016년) 마약제조기술 습득 재입북 시도 사건(2016년) 전직 대학교수 이적표현물 소지 사건(2016년) 군용 대형타이어 밀반출 사건(2016년) 노동자의 책 서점 사건(2016년)† 환수복지당 대변인 북한 찬양 사건(2017년) 민주노총 국장 이적표현물 소지 사건(2017년)† 탈북자 재입북 사건(2017년) 양구지역 월북시도 사건(2017년)
문재인 정부	민주노총 사회적 총파업(2017년) 제2차 언론노조 파업(2017년) 흥진호 납북 사건(2017년) 북한 찬양 및 주한미군 철수 주장 사건(2017년) 민주노총 마포대교 점거 농성 사건(2017년) DMZ 최전방부대 초소 국방부 사칭 월북 시도 사건(2018년) 유전무죄 판결 밀입북 사건(2018년) 드루킹 여론조작 사건(2018년) 북한산 석탄 밀수 사건(2018년) IT사업가 사건(2018년)† 탈북민 재입북 목적 북한 쌀 상납 사건(2018년) 이적표현물 취득 사건(2018년) 백두칭송위원회 김정은 찬양 사건(2018년) 한진그룹 직원 노동쟁의(2018년) 국회 패스트트랙 충돌 사건(2019년) 현대중공업·대우조선해양 합병 반대 파업(2019년) 삼척항 목선 귀순 사건(2019년) 현역 병사 IS 가입 시도 사건(2019년) 해군 제2함대 허위자백 사건(2019년) 북한 정찰총국 직파간첩 사건(2019년) 고리원전 상공 드론 출현 사건(2019년) 미국 대사관저 월담 사건(2019년) 울산광역시장 선거개입 사건(2019년) 한국대학생진보연합 미래통합당 총선 후보 선거운동 방해 사건(2020년) 김일성 회고록 국내 출판 논란(2021년) 북한 공작원 연계 연구원 사건(2021년) 인천 월북 시도 사건(2021년) 자주통일충북동지회 사건(2021년) 현역 장교 북한 공작원 포섭 사건(2022년)
윤석열 정부	민중자주통일전위 사건(2023년) 제주 ㅎㄱㅎ 사건(2023년)

†: 공안기관이 조작했거나 날조한 사건.