함수 방정식(영어: functional equation)은 넓은 의미로는 하나 또는 여러 개의 미지 함수가 포함된 방정식으로, 미분 방정식과 적분 방정식도 이에 포함된다. 한편 좁은 의미로는 몇가지 함수값 사이의 관련성을 나타내는 방정식만을 가리킨다. (예: 로그함수는 함수 방정식 에 의해 특정됨)
정의역이 자연수인 경우 함수는 수열로 간주될 수 있으며, 이 경우 좁은 의미의 함수 방정식은 점화식이 된다. 따라서 일반적으로 함수 방정식이라는 표현은 주로 실함수나 복소함수에 대해 논할 때 많이 사용되는 말이다.
또한 해를 찾을 때 매끄러운 함수라는 등의 조건이 추가되는 경우가 많은데, 그렇지 않으면 의도하지 않은 병리적인 함수까지 해로 포함하게 될 수 있기 때문이다. 예를 들어 감마함수는 등식 와 초기조건 을 만족하는 함수인데, 실제로 이 조건을 만족하는 함수는 많지만, 복소평면 전체에서 유리형이면서 x>0에 대해 가 볼록하다는 조건을 만족하는 것은 감마함수 뿐이다 (Bohr–Mollerup 정리).