본선 진출국 수는 16개국에서 24개국으로 확대되며 AFC 챌린지컵은 폐지된다. 또한 지난 대회에서 1위, 2위, 3위를 차지한 국가에게 주어지던 자동 진출권은 폐지되며 개최국에게만 자동 진출권이 주어진다. 1차 예선과 2차 예선이 2018년 FIFA 월드컵 아시아 지역 예선을 겸하는 2019년 AFC 아시안컵 예선은 1차 예선, 2차 예선, 플레이오프, 최종 예선으로 나누어 열린다.
1차 예선에는 아시아축구연맹(AFC) 가맹국 가운데 하위 12개국이 참가한다. AFC에는 46개 가맹국이 있다. 2015년도 1월 국제축구연맹(FIFA) 랭킹을 기준으로 AFC 내 35~46위의 나라들이 대상이다. 승리한 6개국은 자동 진출한 34개 국가와 함께 2차 예선을 펼친다. 2차 예선은 40개국이 8개 조로 나뉘어 진행된다. 2019년 AFC 아시안컵 2차 예선을 겸한 2018년 FIFA 월드컵 아시아 지역 2차 예선에서 각 조 1위를 차지한 8개 팀, 각 조 2위 팀 가운데 성적이 좋은 4개 팀은 AFC 아시안컵 본선에 직행하며 2018년 FIFA 월드컵 아시아 지역 최종 예선에도 진출한다.
아시아 축구 연맹 가입국 46개국 모두가 참여하며 2015년 1월 기준, FIFA 랭킹 상위 34개국이 2차 예선에 직행하고, 하위 12개국이 1차 예선부터 참여한다. FIFA 월드컵 아시아 지역 예선이 AFC 아시안컵 예선을 겸해 치러지므로, 2019년 AFC 아시안컵 개최국인 아랍에미리트도 2차 예선에 참가한다. AFC 준회원국인 북마리아나 제도는 FIFA 회원국이 아니기 때문에 AFC 아시안컵에는 참가할 수 있지만 FIFA 월드컵에는 참가할 수 없다.
1 동티모르가 2018년 FIFA 월드컵 아시아 지역 예선, 2019년 AFC 아시안컵 예선 경기에서 부적격 외국인 선수 12명을 출전시킨 사실이 확인되었다. 이에 따라 아시아 축구 연맹(AFC), 국제 축구 연맹(FIFA)은 해당 선수가 참가한 경기를 모두 동티모르의 0-3 몰수패(몽골과의 홈 경기는 원래 동티모르의 4-1 승리, 몽골과의 원정 경기는 원래 동티모르의 1-0 승리로 각각 기록되었으며 동티모르가 합계 5-1로 2차 예선에 진출했음)로 처리했다. 그렇지만 2차 예선 일정이 종료된 상황에서 내린 결정이었기 때문에 예선 경기 결과에는 어떠한 영향을 주지 않았다.
인도네시아는 2015년 5월 30일에 국제 축구 연맹(FIFA)으로부터 자격 정지 처분을 받았고 2015년 6월 3일에 아시아 축구 연맹(AFC)으로부터 실격 처리되었다. 이는 인도네시아 정부가 인도네시아 축구 협회의 행정에 간섭한 사실이 문제가 되었기 때문이다. 이에 따라 인도네시아와의 경기는 모두 취소되었고 F조는 4개 팀만 경기를 치르게 되었다.
쿠웨이트는 2015년10월 16일에 FIFA로부터 자격 정지 처분을 받았다. 이는 쿠웨이트 정부가 쿠웨이트 축구 협회의 행정에 간섭한 사실이 문제가 되었기 때문이다. 이에 따라 쿠웨이트는 미얀마와의 원정 경기, 라오스와의 홈 경기, 대한민국과의 원정 경기에서 모두 0:3 몰수패를 당했다.
1 동티모르가 2018년 FIFA 월드컵 아시아 지역 예선, 2019년 AFC 아시안컵 예선 경기에서 부적격 외국인 선수 12명을 출전시킨 사실이 확인되었다. 이에 따라 아시아 축구 연맹(AFC)은 해당 선수가 참가한 경기를 모두 동티모르의 0-3 몰수패(말레이시아와의 홈 경기는 원래 말레이시아의 3-0 승리, 말레이시아와의 원정 경기는 원래 말레이시아의 3-0 승리로 기록되었음)로 처리했다.
2라운드 1차전 경기는 2016년 9월 6일과 2016년 10월 8일에, 2차전 경기는 2016년 10월 11일에 열린다. 플레이오프 1라운드에서 패배한 5개 팀과 포트 3에 속한 1개 팀이 홈 앤 어웨이 방식으로 경기를 치른다. 플레이오프 2라운드에서 승리한 3개 팀은 3차 예선에 진출하며 패배한 3개 팀은 2016년 AFC 솔리대리티컵에 진출한다.
3차 예선은 24개 팀이 참가한다. 2019년 AFC 아시안컵 개최국인 아랍에미리트가 2018년 FIFA 월드컵 아시아 지역 최종 예선에 진출했기 때문에 AFC 아시안컵 3차 예선에서는 12개 팀을 결정하게 된다. 각 조에서 1위를 차지한 팀과 2위를 차지한 팀이 본선에 진출한다.
1 2016년 AFC 솔리대리티컵 우승 팀인 네팔은 2016년 12월 27일에 재정적인 문제로 인해 기권한 괌을 대신하여 참가했다. 2 2016년 AFC 솔리대리티컵 준우승 팀인 마카오는 2017년 1월 11일에 FIFA의 자격 정지 처분으로 인해 실격 처리된 쿠웨이트를 대신하여 참가했다.