1차 예선은 43개 팀 중 3차 예선에 직행하는 5개 팀을 제외한 38개 팀을 19개 그룹으로 나누어 홈 앤 어웨이 방식으로 치르게 되어 있는데, 1차 예선의 승자 19개 팀 가운데 상위 11개 팀은 3차 예선에 직행하게 되고, 2차 예선에 진출한 하위 8개 팀은 다시 4개 그룹으로 나누어 홈 앤 어웨이 방식으로 치러 2차 예선의 승자 4개 팀은 3차 예선에 진출하게 된다.
3차 예선은 20개 팀(1차 예선 승자 11개 팀, 2차 예선 승자 4개 팀, 3차 예선 직행 5개 팀)을 5개 그룹으로 나누어 홈 앤 어웨이 방식으로 치르는데, 각 조의 1, 2위를 기록한 10개 팀은 최종 예선에 진출하게 된다.
최종 예선은 3차 예선을 통과한 10개 팀을 2개 조로 나누어 홈 앤 어웨이 방식으로 치르는데, 각 조 1, 2위를 기록한 4개 팀은 본선에 직행하게 된다. 각 조 3위를 기록한 2개 팀은 홈 앤 어웨이 방식으로 플레이오프를 치르게 되며, 플레이오프의 승자는 오세아니아 예선 1위 팀과 홈 앤 어웨이 방식으로 대륙간 플레이오프를 치르는데, 대륙간 플레이오프의 승자는 본선에 진출하게 된다.
시드 배정 기준은 2006년 FIFA 월드컵 성적을 기준으로 삼았다. 그리하여 2006년 FIFA 월드컵 본선에 진출했던 5개 팀(오스트레일리아, 대한민국, 사우디아라비아, 일본, 이란)은 톱 시드를 받아 3차 예선에 직행한다. 나머지 38개 팀은 2006년 FIFA 월드컵 아시아 지역 예선 성적을 기준으로 하며 1차 예선부터 치른다. 1차 예선의 승자 19개 팀 중 상위 11개 팀은 3차 예선에 직행하고, 하위 8개 팀은 2차 예선을 치러 2차 예선의 승자 4개 팀이 3차 예선에 진출한다.
1차 예선 조 추첨은 2007년8월 6일말레이시아쿠알라룸푸르에서 있었다. 38개 팀을 19개 그룹으로 나누어 홈 앤 어웨이 방식으로 경기를 치르는 방식으로, 1차 예선의 승자 19개 팀 가운데 상위 11개 팀은 3차 예선으로 직행하게 되고, 하위 8개 팀은 2차 예선에 진출하게 된다.
1 FIFA는 2007년10월 30일에 쿠웨이트의 모든 국가대표팀과 클럽팀 국제 대회 참가를 금지했다. 지난 10월 9일에 있었던 쿠웨이트 축구 협회장 선거에서 정부의 개입이 있었기 때문인데, FIFA에서는 정부의 축구 협회에 대한 개입을 용인하지 않기 때문에 이 선거 결과를 인정하지 않고 재선거를 치를 것을 요청했으나 쿠웨이트 측에서 이를 거부함에 따라서 이루어진 제재였다. 그러나 FIFA는 부적절한 절차로 이사진에 오른 쿠웨이트 축구 협회 유력 인사들이 자진 사임하면서 해당 징계를 11월 9일에 모두 철회했다. 해당 징계 철회로 인해 쿠웨이트는 다시 모든 국가대표팀과 클럽팀 국제 대회에 참가가 가능하게 되었다.
시드 배정은 2007년11월 25일 남아프리카공화국 더반에서 있었다. 여기서도 20개 팀을 4개 그룹으로 나누는 데에 시드를 적용하였다. 톱 시드 발표에서 기존 1, 2차 예선에서 발표된 톱 시드 팀들이 다시 톱 시드를 배정받았지만, 오세아니아에서 아시아로 넘어온 오스트레일리아가 톱시드로 배정받았으며 이란은 1, 2차 예선과는 달리 3번 시드로 올라왔고, 그에 따라 사우디아라비아와 일본의 시드가 각각 하나씩 내려갔다.
싱가포르는 우즈베키스탄과의 원정 경기, 사우디아라비아와의 홈 경기에서 부적격 선수를 출전시킨 사실이 발각되어 해당 경기에서 모두 0:3 몰수패(우즈베키스탄과의 원정 경기는 원래 우즈베키스탄의 1:0 승리, 사우디아라비아와의 홈 경기는 원래 사우디아라비아의 2:0 승리로 기록되었음)를 당했다. 이로 인해 사우디아라비아와 우즈베키스탄의 순위가 뒤바뀌었으나 두 팀 모두 최종 예선 진출이 확정되었기 때문에 최종 예선 진출 팀이 뒤바뀌는 일은 없었다.
최종 예선은 3차 예선에서 각 조 1, 2위를 기록한 10개 팀을 2개 조로 나누어 홈 앤 어웨이 경기를 치르는 방식으로, 최종 예선에서 각 조 1, 2위를 기록한 4개 팀은 본선에 직행하게 되며, 각 조 3위를 기록한 2개 팀은 홈 엔 어웨이 경기를 치르고 승자는 대륙간플레이오프에 진출하게 된다.